差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

--- adf:acereactionnetwork [2024/02/05 16:57] – [参数设置] liu.jun
+++ adf:acereactionnetwork [2024/05/14 20:33] (当前版本) – [AMS软件：根据反应物、产物的分子结构，自动预测化学反应网络] liu.jun
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-======人工智能：ACE Reaction Network化学反应网络分析=====
+======AMS软件：根据反应物、产物的分子结构，自动预测化学反应通道=====
 =====前言=====
 AMS中有三种用于反应网络方面分析的工具：
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   * ACE Reaction Network（本文将介绍）
-ACE ReactionNetwork是其中最快的工具，可用于网络的快速初始猜测，由用户指定的反应物和产物后，生成反应网络。工作原理：基于分子图创建中间体的初始猜测，然后使用几何优化来确认中间体的有效性。在本教程中，将展示使用ACE Reaction生成网络，以及如何理解这些结果。以如下加成反应为例：
+ACE Reaction Network是其中最快的工具，可用于网络的快速初始猜测，由用户指定的反应物和产物后，生成反应网络。工作原理：基于分子图创建中间体的初始猜测，然后使用几何优化来确认中间体的有效性。在本教程中，将展示使用ACE Reaction生成网络，以及如何理解这些结果。
+**ACE Reaction Network目前只适用于非周期性体系，反应物、产物原子数一致。**
+以如下加成反应为例：
 {{ :adf:reaction.png?650 }}
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 =====参数设置=====
-这里我们基于Mopac作为计算电子结构的引擎。AMSinput模块从默认的ADF切换到ACE Reaction Network，Engine选择Mopac。现在可以导入或绘制反应物和产物结构，这里涉及3个物种，包括2个反应物、1个产物，所以我们可以在AMSinput左边建模窗口创建这三种物质。
+这里我们基于Mopac作为计算电子结构的引擎。AMSinput模块从默认的ADF切换到ACE Reaction Network，Engine选择Mopac，或者ReaxFF、ADF、DFTB。
+<color blue>如果选择Mopac，则使用Mopac默认参数即可，如果选择ReaxFF作为引擎，则需要在窗口右边部分**底部的ReaxFF选项卡**中，进入ReaxFF，设置相关力场即可，其他方面的流程与本教程并无二致，不过结果有可能略有不同。ADF、DFTB则也需要进入底部的对应选项卡，设置ADF、DFTB相关参数，例如泛函、基组、DFTB方法与参数集。</color>
+现在可以导入或绘制反应物和产物结构，这里涉及3个物种，包括2个反应物、1个产物，所以我们可以在AMSinput左边建模窗口创建这三种物质。
 底部已经显示Reactant、Product切换按钮，用户可以选择Reactant栏，然后Edit → New molecule再打开一个栏，命名为Reactant2
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 {{ :adf:acereactionnetwork4.png?650 }}
-根据活性原子的选择，这些片段是尽可能小的片段。用户应检查这些碎片的电荷是否合理，主要是看它作为中间体的正确电荷。例如所有活性H原子都有+1的电荷（这个电荷会被它们配位的片段补偿掉）。我们提出的反应的第一步确实涉及质子转移，这就需要转移的H原子具有正电荷。因此对于H，中间体的预期电荷与猜测的碎片电荷是相匹配的，我们可以接受它们作为合理的猜测。<color blue>一般所有片段都是不稳定的，这意味着含有这些纯片段的中间体将不会被接受（这部分内容如果不十分理解，阅读后面的内容后，再回过来应该就理解了）。</color>
+根据活性原子的选择，这些片段是尽可能小的片段。用户应检查这些碎片的电荷是否合理，主要是看它作为中间体的正确电荷。
+**如何检查每个frag有哪些原子：**这些frag分别来自各个反应物，Model → Region，然后点击左边窗口某个反应物区域，将列出这个反应物分子所对应的frag，去除Region里面的勾选，逐个勾选，就可以看到勾选的这个Region包含哪些原子。一般而言，包括活性原子构成的一个Region，活性原子里面各个H分别构成一个frag，活性原子之外的区域构成一个frag。
+所有活性H原子都有+1的电荷（这个电荷会被它们配位的片段补偿掉）。我们提出的反应的第一步确实涉及质子转移，这就需要转移的H原子具有正电荷。因此对于H，中间体的预期电荷与猜测的碎片电荷是相匹配的，我们可以接受它们作为合理的猜测。<color blue>一般所有片段都是不稳定的，这意味着含有这些纯片段的中间体将不会被接受（这部分内容如果不十分理解，阅读后面的内容后，再回过来应该就理解了）。</color>
 现在已经准备好运行ACE反应作业。
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 ====3，分析网络Analyze network====
-打印到日志文件并导出到AMSMovie的最短路径数会在设置中先验地传递到作业。由于很难在视觉上解释太大的网络，因此用户可能希望从整个网络中提取附加路径。本节介绍如何执行此操作。
+打印到logfile并导出到AMSMovie的最短路径数，会在设置中先验地传递到作业。太大的网络，很难在视觉上去看清楚、理解，因此用户可能希望从整个网络中提取路径，本节介绍如何执行此操作。
+在AMSinput中，将当前作业另存一个名字：
+{{ :adf:acereactionnetwork12.png?650 }}
+  * 更改Steps：从All改为Analyze Network
+  * Restart directory，填入或选取上一个作业的生成的*.results文件夹
+  * Min number of shortest paths written设置为10（默认值为5），以便查看更多路径。
+  * 保存作业
+{{ :adf:acereactionnetwork13.png?650 }}
+提交作业，运行完毕后SCM → Movie，AMSMovie所示的最终网络包含十条路径，因此看起来很复杂：
+{{ :adf:acereactionnetwork14.png?650 }}
+在logfile中详细列出的10条路径：
+{{ :adf:acereactionnetwork15.png?650 }}
+各个路径现在已存储在结果文件夹中，并且可以在AMSMovie中打开。AMSMovie窗口File → Open…选择作业所在的*.results文件夹，例如选择第六条路径analyzie.results/path6.rkf，
+AMSMovie中将打开一条路径。
+{{ :adf:acereactionnetwork16.png?650 }}
+这条路径可能不是一条标准路径，因为涉及不必要的中间路径，可供参考或丢弃。

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