AMS可以进行分子动力学模拟、分析，而这些算法，可以是基于ADF、BAND、DFTB、MOPAC、ReaxFF、机器学习势等各种计算引擎，用户如果购买了这些计算引擎，即可使用AMS去驱动。

下面这些例子，就是一些典型的，可以驱动任何计算引擎去完成的功能。

• 新的分子动力学反应加速算法REMD
• BAND、MOPAC、DFTB、ReaxAMS添加外部应力、压强
• 多尺度模拟：结构优化
• 多尺度模拟：QMMM激发态计算
• 巨正则系综GCMC模拟
• 扩散系数、自相关函数：分析分子、原子的扩散系数与自相关函数（Autocorrelation Functions）
• 热导率方法1：T-NEMD方法结合温度分布（以 ReaxFF 为例）
• 热导率方法2：T-NEMD方法结合传热功率统计（以 UFF 为例）
• 表面吸附分子动力学模拟与分析：基于DFT、DFTB、MOPAC、ReaxFF
• 寻找分子真实构型/多个异构体共存的分子的谱学性质的玻尔兹曼平均、生成*.coskf文件
• 视频教程：药物分子构象搜索，红外与UV、ECD谱的计算及其玻尔兹曼平均
• AMS软件：自动探索表面吸附位点
• AMS软件：自动探索表面化学反应机理案例-氧化物表面的水离解
• AMS软件：根据反应物、产物的分子结构，筛选反应通道
• AMS基于分子动力学计算摩擦系数
• 从分子动力学轨迹生成红外谱FT-IR
• AMS软件图像处理：线性回归拟合曲线斜率
• AMS软件图像处理：从晶体结构生成X射线粉末衍射谱

• 分子动力学模拟，如何固定部分原子