adf:dftmd-adf
差别
这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
| adf:dftmd-adf [2019/12/07 16:07] – liu.jun | adf:dftmd-adf [2019/12/13 19:33] – liu.jun | ||
|---|---|---|---|
| 行 5: | 行 5: | ||
| 说明： | 说明： | ||
| - | * 昨天的体系是没有周期性边界的，周围是无限大真空 | + | * 使用的是ADF via AMS模块 |
| + | * 这里的体系是没有周期性边界的，周围是无限大真空 | ||
| * 任务类型Task选择为Molecular Dynamics，点击后面的> | * 任务类型Task选择为Molecular Dynamics，点击后面的> | ||
| * 泛函选择计算量较小、精度较高的泛函，因此可以选择GGA，这里选择了GGA：BP86 | * 泛函选择计算量较小、精度较高的泛函，因此可以选择GGA，这里选择了GGA：BP86 | ||
| 行 16: | 行 17: | ||
| * Sample Frequency，设定轨迹文件的采样频率，这里设置为5，表示每5步，记录一次轨迹，这是为了快速看到动画，所以设置的很小，真正的实际模拟，设置为50就可以了 | * Sample Frequency，设定轨迹文件的采样频率，这里设置为5，表示每5步，记录一次轨迹，这是为了快速看到动画，所以设置的很小，真正的实际模拟，设置为50就可以了 | ||
| * 如果系综是NVT系综，则点击Thermostat后面的> | * 如果系综是NVT系综，则点击Thermostat后面的> | ||
| - | + | * 如果要实现温度变化，参考[[adf: | |
| - | {{ :adf:adf-dftmd03.png?600 }} | + | ===NVT系综的设置=== |
| - | + | {{ :adf:adfmdmethod.png?400 }} | |
| - | 说明： | + | 只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature（与前面的温度一致）、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为10fs，对结果影响不大。 |
| - | * 点击＋增加一个MD的阶段设置 | + | ===NPT系综的设置=== |
| - | * 这里有两种NVT系综算法，一种是Berendsen，一种是NHC，这里两个阶段都选用了前者第一个阶段是1万步，第二个阶段9万步，温度分别为300、500K | + | 设置与NVT类似。 |
| - | * Damping constant是为了增加体系的随机性，分子动力学开始的一段时间内，温度剧烈震荡，这个可以设置为5~50fs均可 | + | |
| - | * Atoms in region选择All，表示该设置对所有原子都生效 | + | |