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adf:vandervaalsofband

如何显示周期性体系范德华表面的静电势分布

首先,范德华表面的定义,如果参考文献(J. Am. Chem. Soc. 1987, 109,7968-7979)的定义,则可以选为电子云密度等值面的值为 0.001 a.u. 的曲面。

然后在该曲面显示静电势或其他函数均可。任何一个单点计算,均可给出该性质。本文是关于 BAND 模块针对周期性体系的计算,单点计算参数设置,参考:【入门基础教程】单点计算与BAND的基本参数设置,不需要勾选能带、态密度相关计算。

结果查看

这里我们显示总电子密度0.001 a.u. 的等值面上,静电势的分布情况。操作方法:

BAND 显示的静电势符号需要反号,即乘以 -1:

  1. 菜单栏Field - Calculate - 窗口底部选择计算符号为“*(Scalar)” ,左侧输入-1.0,右侧选择Potential - Couloumb Potential,从而生成 C-1 函数即真正的静电势
  2. 显示该 C-1 函数:
    1. Restricted 计算的结果:Add → Isosurface:colored,窗口底部左边的 Select Field 选择密度等值面:Density - total density,窗口底部右边的 Select Field 选择 Other → C-1,并勾选右下角的 Bar(色条显示)
    2. Unrestricted 计算的结果:软件生成的电子密度是 Density A → Total Density A 和 Density B → Total Density B两个函数,即 α 电子密度、β 电子密度,这里我们将二者加和得到总电子密度(Field - Calculate - 左边的 Select Field 选择 Density A → Total Density A,右边的 Select Field 选择 Density B → Total Density B,中间的减号改为加号)名为 C-2。Add → Isosurface:colored,窗口底部左边的 Select Field 选择电子密度等值面:Other → C-2,窗口底部右边的 Select Field 选择静电势 Other → C-1,并勾选右下角的 Bar(色条显示)

半透明显示的设置:点击窗口底部,要修改半透明显示的那个函数对应的 Isosurface: * 按钮 - Show details,然后将Opacity从默认 100 改为50(值越小透明度越低,100为不透明,0为完全透明) 具体如下图所示:

Restricted 计算的结果

注意:总电子密度等值面的值应为0.001 a.u,这里应该把 Total Density 后面默认的0.03改为0.001。

Unrestricted 计算的结果

注意:总电子密度等值面的值应为0.001 a.u,这里应该把 C-2 后面默认的0.03改为0.001。

adf/vandervaalsofband.txt · 最后更改: 2023/09/21 12:07 由 liu.jun

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