差别

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--- adf:temperaturealongaxes [2022/03/05 21:36] – [结果查看] liu.jun
+++ adf:temperaturealongaxes [2023/10/02 23:29] (当前版本) – [结果查看] liu.jun
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-======ReaxFF-温度分布函数：计算沿着某个Cell轴向的温度分布函数======
+======ReaxFF-温度分布函数：计算沿着Cell某个轴向的温度分布函数======
 =====概述=====
 我们以简单分子动力学模拟为例，单纯演示如何生成沿着A、B、C晶轴方向的温度分布情况。
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 </code>
   * 该字段的位置：是MolecularDynamics的子字段，如果保存轨迹的频率修改了这个字段就会自动出现在*.run文件
-  * 40的含义：A、B、C三个方向均分为40个薄片，分别输出40片的温度。会得到三个温度分布函数，对应三个方向的温度分布。
+  * 40的含义：A、B、C三个方向，分别被均分为40个切片，温度曲线是这40个切片的温度。会得到三个温度分布函数，对应三个方向的温度分布。
-  * 温度的平均：每个点的温度，是这个点对应的片内所有原子，从上一帧到当前帧的时间范围内的平均温度。因此点数不建议太多（以确保片内原子个数较多，具有统计平均的意义），保存轨迹的频率不宜高（默认100建议改为1000或2000甚至根据需要改到更大数值），否则都会导致温度曲线震荡会比较剧烈
+  * 温度的平均：每个切片的温度，是这个切片内所有原子，从上一帧到当前帧的时间范围内的平均温度。因此切片数不建议太多（以确保片内原子个数较多，具有统计平均的意义），保存轨迹的频率不宜高（默认100建议改为1000或2000甚至根据需要改到更大数值），否则都会导致温度曲线震荡会比较剧烈，失去统计意义。
 =====参数设置=====
 {{ :adf:trmperatureprofile01.png?650 }}
+由于温度曲线是从坐标原点开始生成数据，因此用户可以在模型创建完毕之后，Edit → Crystal → Map Atoms to [0..1]，从而将坐标原点放置于Cell的顶点，这样数据与模型能够完全对应。
 {{ :adf:trmperatureprofile02.png?650 }}
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 可以看到MDhistory里面，有TempProfile_a(i)、TempProfile_b(i)、TempProfile_c(i)，对应ABC三个晶轴方向，i=1~11，代表从初始结构到最后一帧。
-例如我们希望查看最后一帧B方向的温度分布曲线，将其左侧小三角点开，将产生的所有数据拷贝出去即可，即该方向的温度分布数值。如果需要做曲线，横坐标即晶格常数B分为40份，加上原点，则41个点。
+例如我们希望查看最后一帧B方向的温度分布曲线，将其左侧小三角点开，将产生的所有数据拷贝出去即可，即该方向的温度分布数值。
 <color grey>**数据处理小技巧:**</color>
-<color grey>将所有数值复制到Word文档中，选中数据之间的间隔，用查找替换功能，将其替换为换行符^p，再将所有空格替换为空字符，则变成了规则的一列数据。</color>
+<color grey>将所有数值复制到Word文档中，选中数据之间的间隔，用查找替换功能，将其替换为换行符^p，再将剩余的不规则字符替换为空字符（什么也没有），则变成了规则的一列数据。</color>
+如果需要做曲线，横坐标即晶格常数B分为40段。晶格常数可以在AMSinput → Model → Lattice下方看到：
+{{ :adf:trmperatureprofile05.png?650 }}

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