eReaxFF-锂离子电池中碳酸乙烯酯（EC）分解的模拟
版本要求2021。eReaxFF是将电子与原子一样，视为一个普通粒子（当然质量、电荷与原子有所不同），进行分子动力学模拟。
一、模型
首先创建电子、EC、Li原子（实际上是阳离子，但是在模型参数设置的时候，才进行电荷设置），然后将三者生成均匀混合物。
1，创建电子
在AMSinput窗口任意添加一个原子，然后File - Export Coordinates - .xyz，保持文件名例如为El。打开生成的El.xyz文件，将内容中的元素符号改为El，并保存文件。ReaxFF中将El识别为电子，但在计算中仍然需要用户指定El的电荷为-1（详见后文）。
2，创建Li、EC
在AMSinput窗口创建一个Li原子，然后类似如上导出Li.xyz文件；创建EC分子，并使用窗口右下角齿轮优化分子结构，然后导出EC.xyz。
现在有了三个xyz文件备用。
3，创建EC、Li、电子混合物
Edit - Builder 添加三种物质的xyz文件：
二、参数设置
1，设置Region
分别为10个Li原子设置10个Region，确保每个Region只有一个Li原子，10个电子也分别设置10个Region，同样每个Region只有1个电子：
要特别注意，不要出现某个分区中出现2个电子，因此在创建分区的时候，每创建一个分区，都在空白处左键点击一下鼠标，放弃之前选中的原子、电子。因为我们后面要为每个Li原子的Region设置+1电荷，为每个电子的Region设置-1电荷，这样形成真正意义的10个EC分子、10个Li离子、10个电子的混合物。
2，为Li、El设置电荷
分别为10个Li、10个El设置电荷：
……
3，常规分子动力学设置
这里略过了弛豫过程，用户可以自行先进行低温分子动力学模拟，完成弛豫，然后使用弛豫得到的结构（Movie - 移动到弛豫完成的某一帧 - File - Update geometry in Input，将该构型更新到AMSinput窗口），再将温度改为如下所示1000K，进行正常分子动力学模拟：
保存并提交作业。
初次提交，有可能出现“Unreasonably large charges produced by ACKS2”的报错，这时候可以考虑把El和Li放到一起，甚至在空间上略微重叠，这样就可以避免这个问题了。因此建模的时候，也可以考虑把Li离子和电子“二聚体”，当成一个分子保存xyz文件，这样就不需要一个一个移动电子的位置了
结果查看
SCM - Movie可以看到电子与分子中的原子的运动轨迹：
经过几百ps后，可以观察到乙烯、二氧化碳等产物。
键级
在AMSinput中的键级，未经计算，因此其键级是图形窗口根据简单的价电子规则而猜测出来的。在Movie中是经过计算的，因此鼠标选中两个原子，窗口左下角则会显示两个原子之间的键级。
参考文献
Md Mahbubul Islam and Adri C. T. van Duin, Reductive Decomposition Reactions of Ethylene Carbonate by Explicit Electron Transfer from Lithium: An eReaxFF Molecular Dynamics Study, J. Phys. Chem. C 2016, 120, 48, 27128–27134