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adf:temperaturealongaxes

这是本文档旧的修订版!


ReaxFF-温度分布函数:计算沿着某个Cell轴向的温度分布函数

概述

我们以简单分子动力学模拟为例,单纯演示如何生成沿着A、B、C晶轴方向的温度分布情况。

方法:在*.run文件中,通过Trajectory字段设置TProfileGridPoints实现,例如:

      TProfileGridPoints 40
  • 该字段的位置:是MolecularDynamics的子字段,如果保存轨迹的频率修改了这个字段就会自动出现在*.run文件
  • 40的含义:A、B、C三个方向均分为40个薄片,分别输出40片的温度。会得到三个温度分布函数,对应三个方向的温度分布。
  • 温度的平均:每个点的温度,是这个点对应的片内所有原子,从上一帧到当前帧的时间范围内的平均温度。因此点数不建议太多(以确保片内原子个数较多,具有统计平均的意义),保存轨迹的频率不宜高(默认100建议改为1000或2000甚至根据需要改到更大数值),否则都会导致温度曲线震荡会比较剧烈

参数设置

保存作业后,修改*.run文件(记事本可以打开)如下,在Trajectory字段内增加了“TProfileGridPoints 40”的设置。如果没Trajectory字段,用户可以自行添加:

......省略
MolecularDynamics
    NSteps 10000
    Trajectory
        SamplingFreq 1000
        TProfileGridPoints 40
    End
    InitialVelocities
        Temperature 498
    End
    Thermostat
        Type NHC
        Temperature 498
        Tau 5
    End
End
System
    Atoms
......省略

SamplingFreq 1000是我们在图2中设置了保存轨迹的频率为每1000步保存一次轨迹。本例计算了1万步,因此有10帧轨迹(加上初始结构则为11帧)。

提交作业。

结果查看

计算完毕后,SCM → Kf Browser → File → Expert Mode

adf/temperaturealongaxes.1646486846.txt.gz · 最后更改: 2022/03/05 21:27 由 liu.jun

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