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adf:remdreaxams [2020/11/26 09:29] – [REMD设置] liu.jun | adf:remdreaxams [2022/01/20 20:39] (当前版本) – [REMD设置] liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
- | ======ReaxFF-REMD:加速分子动力学模拟中反应发生====== | + | ======REMD:加速分子动力学模拟中反应发生====== |
- | REMD通过多个不同温度MD副本数据交换,因此可以在更大的构型空间上取样,从而提高反应事件发生的概率。本文以硅单晶在水蒸气中氧化为例进行演示,比对是否使用REMD,对结果的影响。 | + | REMD通过多个不同温度MD副本数据交换,因此可以在更大的构型空间上取样,从而提高反应事件发生的概率。本文以硅单晶在水蒸气中氧化为例进行演示,比对是否使用REMD,对结果的影响。这种方法适合于有充分计算资源的情况。 |
软件版本要求大于或等于AMS2020.101。 | 软件版本要求大于或等于AMS2020.101。 | ||
行 23: | 行 23: | ||
这一步的设置,只跟REMD有关,如果不设置REMD,则跳过,直接保存任务并提交即可。 | 这一步的设置,只跟REMD有关,如果不设置REMD,则跳过,直接保存任务并提交即可。 | ||
- | 在保存任务后生成的*.run文件中,找到MolecularDynamics字段,在其中添加ReplicaExchange子字段即可,例如本例: | + | {{ : |
- | <code bash> | + | |
- | MolecularDynamics | + | 含义是:生成总共3个系统,其他设置相同,只是温度从上面设置的温度1500K,依次递增1.2倍。这2个副本系统与主系统之间交换数据,从而提高反应发生的可能性。 |
- | NSteps 40000 | + | |
- | Trajectory | + | |
- | SamplingFreq 500 | + | |
- | End | + | |
- | InitialVelocities | + | |
- | Temperature 1500 | + | |
- | End | + | |
- | Thermostat | + | |
- | Type NHC | + | |
- | Temperature 1500 | + | |
- | Tau 5 | + | |
- | End | + | |
- | ReplicaExchange | + | |
- | TemperatureFactors 1.2 | + | |
- | nReplicas 3 | + | |
- | END | + | |
- | End | + | |
- | </ | + | |
- | 添加的是: | + | |
- | <code bash> | + | |
- | ReplicaExchange | + | |
- | TemperatureFactors 1.2 | + | |
- | nReplicas 3 | + | |
- | END | + | |
- | </ | + | |
- | 这四行。含义是:生成总共3个系统,其他设置相同,只是温度从上面设置的温度1500K,依次递增1.2倍。这7个副本系统与主系统之间交换数据,从而提高反应发生的可能性。 | + | |
* 显然副本数越多,加速的效果越明显 | * 显然副本数越多,加速的效果越明显 | ||
- | * 温度系数则不宜太大,1.1~1.2是较为合理的,否则,例如8个副本,系数1.2,最高温度的副本,温度是1.2$^8$倍 | + | * 温度系数则不宜太大,1.1~1.2是较为合理的,否则,例如8个副本,系数1.2,最高温度的副本,温度是1.2<sup>8</ |
* REMD其他详细参数设置,参考[[adf: | * REMD其他详细参数设置,参考[[adf: | ||
- | |||
提交任务,注意核数必须≥系统个数,如何设置核数,请参考:[[adf: | 提交任务,注意核数必须≥系统个数,如何设置核数,请参考:[[adf: | ||
行 68: | 行 41: | ||
=====其他加速反应过程的方案===== | =====其他加速反应过程的方案===== | ||
* 大幅提高温度 | * 大幅提高温度 | ||
+ | * [[adf: | ||
* fbMC,例如:[[adf: | * fbMC,例如:[[adf: | ||
* CVHD | * CVHD |