adf:remdreaxams

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--- adf:remdreaxams [2020/11/25 23:19] – [REMD设置] liu.jun
+++ adf:remdreaxams [2022/01/20 20:39] (当前版本) – [REMD设置] liu.jun
@@ 行 1: / 行 1: @@
-======使用REMD加速分子动力学模拟中反应发生======
+======REMD：加速分子动力学模拟中反应发生======
-REMD通过多个不同温度MD副本数据交换，因此可以在更大的构型空间上取样，从而提高反应事件发生的概率。本文以硅单晶在水蒸气中氧化为例进行演示，比对是否使用REMD，对结果的影响。
+REMD通过多个不同温度MD副本数据交换，因此可以在更大的构型空间上取样，从而提高反应事件发生的概率。本文以硅单晶在水蒸气中氧化为例进行演示，比对是否使用REMD，对结果的影响。这种方法适合于有充分计算资源的情况。
 软件版本要求大于或等于AMS2020.101。
@@ 行 23: / 行 23: @@
 这一步的设置，只跟REMD有关，如果不设置REMD，则跳过，直接保存任务并提交即可。
-在保存任务后生成的*.run文件中，找到MolecularDynamics字段，在其中添加ReplicaExchange子字段即可，例如本例：
+{{ :adf:remdreaxams07.png?400 }}
-<code bash>
-MolecularDynamics
-    NSteps 40000
-    Trajectory
-        SamplingFreq 500
-    End
-    InitialVelocities
-        Temperature 1500
-    End
-    Thermostat
-        Type NHC
-        Temperature 1500
-        Tau 5
-    End
-    ReplicaExchange
-      TemperatureFactors 1.2
-      nReplicas 3
-    END
-End
-</code>
-添加的是：
-<code bash>
-    ReplicaExchange
-      TemperatureFactors 1.2
-      nReplicas 3
-    END
-</code>
-这四行。含义是：生成总共3个系统，其他设置相同，只是温度从上面设置的温度1500K，依次递增1.2倍。这7个副本系统与主系统之间交换数据，从而提高反应发生的可能性。REMD其他详细参数设置，参考[[adf:REMDofams]]
+含义是：生成总共3个系统，其他设置相同，只是温度从上面设置的温度1500K，依次递增1.2倍。这2个副本系统与主系统之间交换数据，从而提高反应发生的可能性。
+  * 显然副本数越多，加速的效果越明显
+  * 温度系数则不宜太大，1.1~1.2是较为合理的，否则，例如8个副本，系数1.2，最高温度的副本，温度是1.2<sup>8</sup>倍
+  * REMD其他详细参数设置，参考[[adf:REMDofams]]
 提交任务，注意核数必须≥系统个数，如何设置核数，请参考：[[adf:maintance]]。如果原子数小于1000，需要删除掉*.run文件中export NSCM=1这一行。
@@ 行 65: / 行 41: @@
 =====其他加速反应过程的方案=====
   * 大幅提高温度
+  * [[adf:bondboost|Bond Boost]]
   * fbMC，例如：[[adf:fbmc_self_healing_of_graphen]]
   * CVHD

adf/remdreaxams.1606317597.txt.gz · 最后更改: 2020/11/25 23:19 由 liu.jun

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