Python脚本右键另存下载并解压 该脚本只能分析AMS2023版的ReaxFF输出轨迹文件*.results/ams.rkf。

运行方式：

• AMSjobs进入作业所在文件夹 → Help → Command-line → 打开命令行窗口输入sh回车（如果是Linux，本身就有命令行，直接打开命令行即可）
• 该脚本下载到某作业所在文件夹，与作业的*.resutls/同级
• 在命令行输入：amspython MoleculesTable.py test.results/ams.rkf回车。稍后将产生分子数列表窗口，可以关闭：

• 然后会弹出化学键数窗口，也可以关闭：

• 将生成：molecule_analysis.txt、molecule_analysis.pdf、bond_analysis.txt、bond_analysis.pdf四个文件。其中*.pdf文件是图，*.txt文件是曲线对应的数据，其中第一列为“帧”数，其他列为具体数据。

该脚本默认统计单、双、三键，如果需要统计芳香键，则修改脚本中：

    round_type = 'integer'       # round bond orders to nearest integer
    #round_type = 'half_integer' # round bond orders to nearest half integer

为

    #round_type = 'integer'       # round bond orders to nearest integer
    round_type = 'half_integer' # round bond orders to nearest half integer

1. 如果体系比较大，模拟的帧数很多，那么分析过程也会很长，有可能如下类似如下提示：这个提示可以忽略。
2. 如果数据量很大，那么在一张图里面体现所有的分子数量、键的数量，就不太可能了。可以修改脚本中nplots = 的值更大。
3. 最终会分别生成分子数量的*.txt文件与化学键数量的*.txt文件，用户也可以从这两个文件中的数据，自行作图。