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--- adf:reaxffcountbonds [2023/07/01 10:50] – liu.jun
+++ adf:reaxffcountbonds [2024/05/14 11:51] (当前版本) – [2，增加环、氢键统计功能] liu.jun
@@ 行 1: / 行 1: @@
-======用python统计ReaxFF轨迹中的分子个数、特定的键的数目变化======
+======用python统计ReaxFF轨迹中的分子个数、键、氢键、环的数目变化======
-[[https://www.scm.com/doc/plams/_downloads/2429dba0a6f043fea4ebbc88a4130655/MoleculesTable.py|Python脚本右键另存下载]]
+=====1，统计化学键=====
-该脚本只能分析AMS2023版的ReaxFF输出轨迹文件*.results/ams.rkf。
+{{:adf:moleculestable.rar|Python脚本右键另存下载并解压}}
+该脚本适用于AMS2023.101以上的版本（注意轨迹文件也需要同版本）。
 运行方式：
-  * AMSjobs → Help →  Command-line → 打开命令行窗口输入sh回车（如果是Linux，本身就有命令行，直接打开命令行即可）
+  * **AMSjobs窗口中，进入该作业所在文件夹** → Help →  Command-line → 打开命令行窗口输入sh回车（如果是Linux，本身就有命令行，直接打开命令行即可）
-  * 该脚本下载到某个文件夹，例如D:/ADA_DATA/MoleculesTable.py，确定作业的*.resutls/ams.rkf文件的路径，例如D:\ADF_DATA\Task\test.results\ams.rkf
+  * 该脚本下载到某作业所在文件夹，与作业的*.resutls/同级
-  * 在命令行输入：amspython D:/ADA_DATA/MoleculesTable.py D:\ADF_DATA\Task\test.results\ams.rkf回车。稍后将产生分子数列表窗口，可以关闭：
+  * 在命令行输入：amspython MoleculesTable-nPlots.py test.results/ams.rkf回车。稍后将产生分子数列表窗口，可以关闭：
 {{ :adf:reaxffbocount00.png?600 }}
@@ 行 14: / 行 15: @@
-该脚本默认统计单、双、三键，如果需要统计方向键，则修改脚本中：
+该脚本默认统计单、双、三键，如果需要统计芳香键，则修改脚本中：
 <code python>
     round_type = 'integer'       # round bond orders to nearest integer
@@ 行 24: / 行 25: @@
     round_type = 'half_integer' # round bond orders to nearest half integer
 </code>
+====注意====
+  - 如果体系比较大，模拟的帧数很多，那么分析过程也会很长，有可能如下类似如下提示：{{ :adf:qq图片20231118203113.jpg?400 }}这个提示可以忽略。
+  - 如果数据量很大，那么在一张图里面体现所有的分子数量、键的数量，就不太可能了。可以修改脚本中nplots = 的值更大，这样将会在多张图中显示这些曲线，这个值即图的数量。
+  - 最终会分别生成分子数量的*.txt文件与化学键数量的*.txt文件，用户也可以从这两个文件中的数据，自行作图。
+=====2，增加环、氢键统计功能=====
+该脚本适用于2023.104以后的版本，**在原先脚本功能的基础上增加了**对环与氢键的统计。{{:adf:moleculestable-nplots.rar|脚本右键另存下载并解压}}。在前面的版本基础上，增加了统计芳香环、氢键的功能。
+ams.rkf文件可以是旧的，但是分析的时候，软件必须是最新的，因为python分析的时候，调用了一个库，2023.104及其之前的版本里面没有。
+开关：
+<code>
+switch = {'Mol_analysis':True,'Bond_analysis':True,'Ring_analysis':True,'Hb_analysis':True}
+</code>
+Ture表示开关打开，False表示关闭。
+氢键的种类需要自己定义一下：
+<code>
+donor_list = ['O']
+acceptor_list = ['O']
+d_hb_cutoff = 3.0
+ang_hb_cutoff = 150.0
+</code>
+其中氢键表示为“D-H--A”，donor_list为“D”元素，acceptor_list为A元素，如果存在多种D、A可以在[]中列出，用逗号隔开，例如['O','N']。
+运行过程中出现“No artists with labels found to put in legend.  Note that artists whose label start with an underscore are ignored when legend() is called with no argument.”不用管它。

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