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adf:nebandtssofband [2020/04/13 15:35] – [第二次NEB计算] liu.jun | adf:nebandtssofband [2022/01/20 20:23] (当前版本) – [前言] liu.jun | ||
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=====前言===== | =====前言===== | ||
- | 本文中,我们首先介绍如何使用NEB方法搜索过渡态,以及在NEB的结果的基础上,进一步提高精度优化出高精度、可验证的过渡态。本文以$MoS_2$的一维条带(其中一个Mo原子被Co替代掺杂)为例进行演示。 | + | 本文中,我们首先介绍如何使用NEB方法搜索过渡态,以及在NEB的结果的基础上,进一步提高精度优化出高精度、可验证的过渡态。本文以MoS< |
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- | 一般来说,这种反应,周期性结构为闭壳层结构(电子数为偶数),但下文中的单胞电子个数为奇数,所以实际上应该至少用二倍大的超胞,与一个$H_2$分子反应。但这里为了节省计算量,仅仅为了演示过渡态搜索的过程,因此忽略这一点带来的影响。 | + | |
对于二维体系,BAND的效率高于同等精度的平面波程序,而一维体系比二维体系效率更高,几乎接近非周期性体系的计算效率。本文以一维材料为例演示计算过程,二维、三维材料过程完全类似。 | 对于二维体系,BAND的效率高于同等精度的平面波程序,而一维体系比二维体系效率更高,几乎接近非周期性体系的计算效率。本文以一维材料为例演示计算过程,二维、三维材料过程完全类似。 | ||
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注意: | 注意: | ||
- | * Initial System对应上面的反应物结构,Final System对应产物结构,选择了这两项后,Input窗口左边底部就多了两个切换按钮,可以分别把两个结构粘贴到Initial、Final两个窗口里面(如下图所示)。 | + | * Initial System对应上面的反应物结构,Final System(选择New Molecule就出现Mol2窗口)对应产物结构,选择了这两项后,Input窗口左边底部就多了两个切换按钮,可以分别把两个结构粘贴到Initial、Final两个窗口里面(如下图所示)。 |
* Number of Image,表示从反应物到产物之间,计算20个中间过渡结构,找到过渡态的大致区间。这个值实际上可以设置的更小一些,例如10,这样计算量小一半。 | * Number of Image,表示从反应物到产物之间,计算20个中间过渡结构,找到过渡态的大致区间。这个值实际上可以设置的更小一些,例如10,这样计算量小一半。 | ||
* Optimize reactants/ | * Optimize reactants/ | ||
行 41: | 行 39: | ||
< | < | ||
GeometryOptimization | GeometryOptimization | ||
+ | Method Quasi-Newton | ||
Quasi-Newton | Quasi-Newton | ||
Step | Step | ||
行 48: | 行 47: | ||
End | End | ||
Convergence | Convergence | ||
- | Gradients | + | Gradients |
- | Step 2.0e-3 | + | |
End | End | ||
End | End | ||
</ | </ | ||
- | 也就是增加了Quasi-Newton字段,TrustRadius | + | 也就是**增加了Quasi-Newton字段**,TrustRadius |
+ | ===备注:=== | ||
+ | <color gray> | ||
保存*.run文件,并运行任务。 | 保存*.run文件,并运行任务。 |