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adf:mbh2019

如何只计算体系部分原子的频率

注意:本说明仅适用于AMS2019及其以前的版本,之后的版本请参考:如何只计算部分原子的频率、相关的Gibbs自由能

注意!

频率的计算,是通过计算该构型下,能量对每个原子的二阶导数得到。很多人想象中,希望固定一些原子,使其不动,只计算一部分原子的振动,这只是一种错误、肤浅的感性的认知。

振动谱的计算,实际上并不计算运动状态,而是计算静止状态的力常数,因此根本谈不上什么“固定某些原子”,所有原子都是固定的!关心哪些原子的振动情况,就只计算这些原子的力常数(即,能量二阶梯度)。

如果不理解为什么如此,应学习相关弹性力学知识。

另外:

  • 被冻结的区域,原子个数大于3
  • 不能生成红外强度
  • 将会包含冻结的区域整体的转动、平动
  • 会有接近0或等于0的频率,对应整个体系的平动(可以忽略掉)
  • 可能有一些接近于0的频率对应整个体系的转动,但如果结构优化的比较好的话,这些频率就不会出现

参数设置

首先对要冻结的部分创建为一个分区,默认名为Region_1(参考如何创建分区):

选择Frequencies并点击右边的按钮进行详细设置

进入Frequencies的详细设置窗口,设置MBH。务必选择数值频率(也就是Analytical frequencies选择No)选择Region_1。因为已经使用精确的数值频率计算,所以Scan frequencies in range实际上可以不勾选

设置为Nosym不考虑使用对称性。

保存并提交任务。

结果查看

点击ADF LOGO > Spectra:

  • 由于冻结区域的存在,使得原本的<chem>CH4</chem>振动有所不同,右上角的谱强度图没有意义了
  • 多了很多虚頻是由于此体系没有优化造成
  • 三个0的波数为整个体系的平动(可以直接忽略掉)
  • 两个小的频率(71、271 cm-1)是冻结区域整体与剩余部分的相对运动
  • 绿色框内主要是选定分子的振动
  • 点击下方窗口的频率,上方窗口即可显示其振动模式(点击View > Open mode in ADFMovie,可以单独打开一个窗口显示动画过程,并可以导出动画,参考如何用adfmovie保存动画
adf/mbh2019.txt · 最后更改: 2023/07/09 13:36 由 liu.jun

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