大体系的结构优化，略微不同于小体系的结构优化：

1. 计算量大，因此尽量不要浪费计算步骤，浪费一个计算步骤也许就是数小时、一天、几天
2. 大体系的自由度大，因此收敛比小体系显得更困难

总体思路就是：精度越高的方法，效率越低；先用精度较低的方法优化，得到优化后的结构，用较高精度方法继续优化。

在步骤上，应该如下进行：

1. 使用UFF、MOPAC或DFTB、GFN1-xTB进行预优化：右键点击ADFinput下方⚙️标记选择这四种方法。在顺序上，可以先用UFF预优化，完毕后切换成MOPAC/GFN1-xTB，如果是有机体系，最后还可以用ANI-1ccx预优化一下。如果有氢键，则不要使用UFF，因为UFF完全无法考虑氢键作用
2. 然后可以使用DFT优化：泛函可以选择GGA(如果是氢键，则必须使用-D泛函)，基组选择小基组，例如DZP，Frozen core选择large，Numerical quality选择normal进行优化，其它设置参考：优化分子的几何结构
3. 上面一步收敛之后，提高精度继续使用DFT优化：例如泛函改为计算量较大的最终选用泛函优化，其它不变
4. 上面一步收敛之后，进一步提高精度继续使用DFT优化：在原泛函的基础上，基组进一步提高，例如对重元素、过渡金属，基组改为TZ2P，进行优化

这样进行优化，虽然在操作上，多做了几次，但将会节省极大量的时间，大大提高科研效率。具体优化几次，可以较为灵活的安排。