这是本文档旧的修订版!
本文虽然以ReaxFF分子动力学模拟结果为例,但实际上BAND、DFTB、MOPAC分子动力学结果,均可如此分析。
计算扩散系数有两种算法:
其中关于自相关函数的定义参考手册:
常规的分子动力学计算完毕之后,在Movie中即可分析指定分子、原子的自相关函数与扩散系数:
SCM - Movie - MD Properties - Autocorrelation Functions:
生成了ACF与扩散系数,这里扩散系数为4.085 × 10-8 m2/s
注意,扩散系数是一个严重受统计样本影响的量,所以建议多个样本求均值。
AMSMovie → MD Properties → MSD,弹出窗口中:
点击Generate MSD即生成MSD函数,同时也会在曲线图中显示得到的扩散系数D。