差别

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--- adf:acereactionnetwork [2024/02/05 17:34] – [人工智能：ACE Reaction Network化学反应网络分析] liu.jun
+++ adf:acereactionnetwork [2024/05/14 20:33] (当前版本) – [AMS软件：根据反应物、产物的分子结构，自动预测化学反应网络] liu.jun
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-======人工智能：ACE Reaction Network基于ReaxFF、Mopac、ADF或DFTB自动分析化学反应网络=====
+======AMS软件：根据反应物、产物的分子结构，自动预测化学反应通道=====
 =====前言=====
 AMS中有三种用于反应网络方面分析的工具：
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   * ACE Reaction Network（本文将介绍）
-ACE ReactionNetwork是其中最快的工具，可用于网络的快速初始猜测，由用户指定的反应物和产物后，生成反应网络。工作原理：基于分子图创建中间体的初始猜测，然后使用几何优化来确认中间体的有效性。在本教程中，将展示使用ACE Reaction生成网络，以及如何理解这些结果。以如下加成反应为例：
+ACE Reaction Network是其中最快的工具，可用于网络的快速初始猜测，由用户指定的反应物和产物后，生成反应网络。工作原理：基于分子图创建中间体的初始猜测，然后使用几何优化来确认中间体的有效性。在本教程中，将展示使用ACE Reaction生成网络，以及如何理解这些结果。
+**ACE Reaction Network目前只适用于非周期性体系，反应物、产物原子数一致。**
+以如下加成反应为例：
 {{ :adf:reaction.png?650 }}
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 {{ :adf:acereactionnetwork4.png?650 }}
-根据活性原子的选择，这些片段是尽可能小的片段。用户应检查这些碎片的电荷是否合理，主要是看它作为中间体的正确电荷。例如所有活性H原子都有+1的电荷（这个电荷会被它们配位的片段补偿掉）。我们提出的反应的第一步确实涉及质子转移，这就需要转移的H原子具有正电荷。因此对于H，中间体的预期电荷与猜测的碎片电荷是相匹配的，我们可以接受它们作为合理的猜测。<color blue>一般所有片段都是不稳定的，这意味着含有这些纯片段的中间体将不会被接受（这部分内容如果不十分理解，阅读后面的内容后，再回过来应该就理解了）。</color>
+根据活性原子的选择，这些片段是尽可能小的片段。用户应检查这些碎片的电荷是否合理，主要是看它作为中间体的正确电荷。
+**如何检查每个frag有哪些原子：**这些frag分别来自各个反应物，Model → Region，然后点击左边窗口某个反应物区域，将列出这个反应物分子所对应的frag，去除Region里面的勾选，逐个勾选，就可以看到勾选的这个Region包含哪些原子。一般而言，包括活性原子构成的一个Region，活性原子里面各个H分别构成一个frag，活性原子之外的区域构成一个frag。
+所有活性H原子都有+1的电荷（这个电荷会被它们配位的片段补偿掉）。我们提出的反应的第一步确实涉及质子转移，这就需要转移的H原子具有正电荷。因此对于H，中间体的预期电荷与猜测的碎片电荷是相匹配的，我们可以接受它们作为合理的猜测。<color blue>一般所有片段都是不稳定的，这意味着含有这些纯片段的中间体将不会被接受（这部分内容如果不十分理解，阅读后面的内容后，再回过来应该就理解了）。</color>
 现在已经准备好运行ACE反应作业。

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