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adf:acereactionnetwork [2024/02/05 17:27] – [参数设置] liu.jun | adf:acereactionnetwork [2024/05/14 20:33] (当前版本) – [AMS软件:根据反应物、产物的分子结构,自动预测化学反应网络] liu.jun | ||
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- | ======人工智能:ACE Reaction Network化学反应网络分析===== | + | ======AMS软件:根据反应物、产物的分子结构,自动预测化学反应通道===== |
=====前言===== | =====前言===== | ||
AMS中有三种用于反应网络方面分析的工具: | AMS中有三种用于反应网络方面分析的工具: | ||
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* ACE Reaction Network(本文将介绍) | * ACE Reaction Network(本文将介绍) | ||
- | ACE ReactionNetwork是其中最快的工具,可用于网络的快速初始猜测,由用户指定的反应物和产物后,生成反应网络。工作原理:基于分子图创建中间体的初始猜测,然后使用几何优化来确认中间体的有效性。在本教程中,将展示使用ACE Reaction生成网络,以及如何理解这些结果。以如下加成反应为例: | + | ACE Reaction Network是其中最快的工具,可用于网络的快速初始猜测,由用户指定的反应物和产物后,生成反应网络。工作原理:基于分子图创建中间体的初始猜测,然后使用几何优化来确认中间体的有效性。在本教程中,将展示使用ACE Reaction生成网络,以及如何理解这些结果。 |
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+ | **ACE Reaction Network目前只适用于非周期性体系,反应物、产物原子数一致。** | ||
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+ | 以如下加成反应为例: | ||
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=====参数设置===== | =====参数设置===== | ||
- | 这里我们基于Mopac作为计算电子结构的引擎。AMSinput模块从默认的ADF切换到ACE Reaction Network,Engine选择Mopac,或者ReaxFF、ADF、DFTB(Mopac选择默认参数即可,如果选择ReaxFF作为引擎,则需要在窗口右边部分**底部的ReaxFF选项卡**中,进入ReaxFF,设置相关力场即可,其他方面的流程与本教程并无二致,不过结果有可能略有不同。ADF、DFTB则也需要进入底部的对应选项卡,设置ADF、DFTB相关参数,例如泛函、基组、DFTB方法与参数集)。现在可以导入或绘制反应物和产物结构,这里涉及3个物种,包括2个反应物、1个产物,所以我们可以在AMSinput左边建模窗口创建这三种物质。 | + | 这里我们基于Mopac作为计算电子结构的引擎。AMSinput模块从默认的ADF切换到ACE Reaction Network,Engine选择Mopac,或者ReaxFF、ADF、DFTB。 |
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+ | 现在可以导入或绘制反应物和产物结构,这里涉及3个物种,包括2个反应物、1个产物,所以我们可以在AMSinput左边建模窗口创建这三种物质。 | ||
底部已经显示Reactant、Product切换按钮,用户可以选择Reactant栏,然后Edit → New molecule再打开一个栏,命名为Reactant2 | 底部已经显示Reactant、Product切换按钮,用户可以选择Reactant栏,然后Edit → New molecule再打开一个栏,命名为Reactant2 | ||
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{{ : | {{ : | ||
- | 根据活性原子的选择,这些片段是尽可能小的片段。用户应检查这些碎片的电荷是否合理,主要是看它作为中间体的正确电荷。例如所有活性H原子都有+1的电荷(这个电荷会被它们配位的片段补偿掉)。我们提出的反应的第一步确实涉及质子转移,这就需要转移的H原子具有正电荷。因此对于H,中间体的预期电荷与猜测的碎片电荷是相匹配的,我们可以接受它们作为合理的猜测。< | + | 根据活性原子的选择,这些片段是尽可能小的片段。用户应检查这些碎片的电荷是否合理,主要是看它作为中间体的正确电荷。 |
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+ | **如何检查每个frag有哪些原子:**这些frag分别来自各个反应物,Model → Region,然后点击左边窗口某个反应物区域,将列出这个反应物分子所对应的frag,去除Region里面的勾选,逐个勾选,就可以看到勾选的这个Region包含哪些原子。一般而言,包括活性原子构成的一个Region,活性原子里面各个H分别构成一个frag,活性原子之外的区域构成一个frag。 | ||
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+ | 所有活性H原子都有+1的电荷(这个电荷会被它们配位的片段补偿掉)。我们提出的反应的第一步确实涉及质子转移,这就需要转移的H原子具有正电荷。因此对于H,中间体的预期电荷与猜测的碎片电荷是相匹配的,我们可以接受它们作为合理的猜测。< | ||
现在已经准备好运行ACE反应作业。 | 现在已经准备好运行ACE反应作业。 |