adf:1hnmrwithssc
差别
这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
| adf:1hnmrwithssc [2019/12/06 22:00] – liu.jun | adf:1hnmrwithssc [2019/12/06 23:28] – liu.jun | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ======NMR化学位移、自旋-自旋耦合-NMR化学位移====== | + | ======NMR化学位移、考虑自旋-自旋耦合的NMR化学位移====== |
| - | + | ||
| - | 本文的功能，要求使用版本号大于ADF2017.212，或者大于r64596。[[https:// | + | |
| 使用ADF的图形界面，可以直接对比计算结果与实验结果： | 使用ADF的图形界面，可以直接对比计算结果与实验结果： | ||
| 行 11: | 行 9: | ||
| * [[adf: | * [[adf: | ||
| + | 本教程使用AMS2019.301完成 | ||
| =====第一步：结构优化===== | =====第一步：结构优化===== | ||
| 参考：[[adf: | 参考：[[adf: | ||
| 行 27: | 行 26: | ||
| 注意： | 注意： | ||
| * 如果只需要计算其中一部分原子的NMR，可以在窗口左边选中这些原子，然后点击右方窗口NMR shielding for atoms后面的➕； | * 如果只需要计算其中一部分原子的NMR，可以在窗口左边选中这些原子，然后点击右方窗口NMR shielding for atoms后面的➕； | ||
| - | * 如果只考虑部分原子对某些原子的自旋－自旋耦合，可以分别选中这些原子，在下方的Perturbing atoms和Responding atoms后面的➕ | + | * 如果只考虑部分原子对某些原子的自旋－自旋耦合，可以分别选中这些原子，在下方的Perturbing atoms和Responding atoms后面的➕，Perturbing atoms对Responding atoms进行微扰，用户也可以不勾选上面的元素框，改为一一选择设置 |
| * 如果不考虑自旋-自旋耦合，则不设置上图中Spin-Spin Coupling即可。 | * 如果不考虑自旋-自旋耦合，则不设置上图中Spin-Spin Coupling即可。 | ||
| + | * 基组中，J-TZ2P或QZ4P是专用于NMR计算的基组 | ||
| 保存任务，并运行。 | 保存任务，并运行。 | ||
| 行 34: | 行 34: | ||
| =====第三步：结果查看===== | =====第三步：结果查看===== | ||
| ====NMR化学位移、自旋－自旋耦合常数==== | ====NMR化学位移、自旋－自旋耦合常数==== | ||
| - | 在*.logfile中，会列出NMR化学位移的值（可以用计算得到的氢谱位移与实验对照，得到平移量，用该平移量来校正所有其他元素、原子的化学位移数据），这里的化学位移没有考虑自旋－自旋耦合；接着列出了原子核与原子核之间的自旋－自旋耦合常数j，如下图所示： | + | SCM - Output - Other Properties - Spin-Spin Coupling |
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| ====查看$^1$H-NMR谱==== | ====查看$^1$H-NMR谱==== | ||
| 行 44: | 行 41: | ||
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| - | 这是没有自旋－自旋耦合的结果。每个峰都对应着某个原子，点击这些原子，对应的峰也被选中了。对这个分子而言，中间的两个H原子是等价的，因此可以进行平均：选中左边窗口的这两个H原子，按Ctrl G（或者点击菜单Regions → New Region From Selected Atoms）这样，谱图就对这两个H原子进行了平均。类似地，可以分别对两个甲基上的三个H原子进行平均。从而得到只有三个峰的谱图。 | + | 这是没有自旋－自旋耦合的结果。每个峰都对应着某个原子，点击这些原子，对应的峰也被选中了。对这个分子而言，中间的两个H原子是等价的，因此可以进行平均： |
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| + | 选中左边窗口的这两个H原子，按Ctrl G（或者点击菜单Regions → New Region From Selected Atoms）这样，谱图就对这两个H原子进行了平均。类似地，可以分别对两个甲基上的三个H原子进行平均。从而得到只有三个峰的谱图。 | ||
| ====查看加入自旋－自旋耦合的$^1$H-NMR谱==== | ====查看加入自旋－自旋耦合的$^1$H-NMR谱==== | ||
| 行 74: | 行 73: | ||
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| - | 回到ADF的谱图窗口，直接ctrl v粘贴这些数据，会弹出提示，问图谱的x值是第几列数据，显然是上面的第1列，图谱的y显然是上面的第2列数据。所以在对话框分别输入1和2即可看到是实验谱和计算谱在同一个窗口了。 | + | 回到ADF的谱图窗口，直接ctrl v粘贴这些数据，会弹出提示，问图谱的x值是第几列数据，显然是上面的第2列，图谱的y显然是上面的第3列数据。所以在对话框分别输入2和3即可看到是实验谱和计算谱在同一个窗口了。 |
| 还应该修改Coupling后面的频率（默认值为200MHz），本例中，实验上，是用89.56Hz的信号去检测的，因此可以修改为89.56: | 还应该修改Coupling后面的频率（默认值为200MHz），本例中，实验上，是用89.56Hz的信号去检测的，因此可以修改为89.56: | ||
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