ReaxFF实际上并不能很好的模拟离子。例如NaCl水溶液，建模时整体是电中性的，Na、Cl原子分散到水分子中，Na、Cl到底带多少电荷，是由EEM方法去计算出来的。这个计算得到的值，一般来说离±1很远，不过基本上可以保证±符号是对的。
如果一定要定义阴阳离子的电荷，也是可以的，定义的方法参考：eReaxFF-锂离子电池中碳酸乙烯酯（EC）分解的模拟。但是一旦某个原子团体被设定了电荷，这个电荷是恒定不变的。也就是Na+1，永远是+1电荷。如果是离子液体，阴阳离子的电荷就永远是固定的。但是在反应过程中，其实电荷是会发生变化的。
如果不涉及反应，那是没有问题的。另外Apple&P力场，是专门用于带电体系的分子动力学模拟的，不过不研究化学反应相关的分子动力学。