adf:pesexploration
差别
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:pesexploration [2022/11/14 11:51] – [表面吸附位点探索] liu.jun | adf:pesexploration [2024/06/14 07:50] (当前版本) – [AMS软件：自动探索表面吸附位点] liu.jun | ||
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| - | ======表面吸附位点探索====== | + | ======AMS软件：自动探索表面吸附位点====== |
| * 版本：本功能适用版本为AMS2022。 | * 版本：本功能适用版本为AMS2022。 | ||
| - | * 模块：这里以ReaxFF模块为例，其他模块参数设置除Main窗口不同之外，其他一致。 | + | * 模块：这里以ReaxFF模块为例，其他模块的使用，除Main窗口参数设置不同之外，其他一致，因此可以用于DFTB、MOPAC、BAND、机器学习势。 |
| * 模型：二维周期性体系表面吸附小分子或原子团簇，本例仅以O原子为例。 | * 模型：二维周期性体系表面吸附小分子或原子团簇，本例仅以O原子为例。 | ||
| - | * 周期性：本功能要求建模完成后，先Edit → Crystal → Map Atoms to (0..1)，否则与Movie中坐标不一致。 | ||
| =====参数设置===== | =====参数设置===== | ||
| 将体系分为两个region，Slab与吸附区域（下图所示region名为active）: | 将体系分为两个region，Slab与吸附区域（下图所示region名为active）: | ||
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| - | 设置探索参数，探索次数和探索“人数”，每个人次数越多、人数越多，则计算量时间越长，也越全面，当然这跟体系表面的大小也有直接关系 | + | 设置探索参数，探索次数和探索“人数”，每个人次数越多、人数越多，则计算量时间越长，也越全面，当然这跟体系表面的大小也有直接关系，例如此次可以改为40/ |
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| - | 探索时移动的小分子或原子簇，此处为active这个region，适当提高max energy，能增大搜索范围 | + | 探索时移动的小分子或原子簇，此处为active这个region，适当提高max energy例如到30eV，能大幅度增大搜索范围 |
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| 行 21: | 行 20: | ||
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| - | 计算过程，或者计算完毕，在SCM → Movie中可以看到探索的各种吸附位点，并在右侧显示每个编号的位点的能量。能量最低的，一般拍在第一帧，后面的帧能量依次增大。 | + | 计算过程，或者计算完毕，在SCM → Movie中可以看到探索的各种吸附位点，并在右侧显示每个编号的位点的能量。能量最低的，一般拍在第一帧，后面的帧能量依次增大。有一些报错信息可以忽略（这是搜索过程中某些搜索行为失败而生成的），只要Movie中有相应结果即可。 |
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| 任意一帧结构均可File → save geometry或Update Geometry in Input，保存为xyz格式文件或更新到AMSinput窗口。 | 任意一帧结构均可File → save geometry或Update Geometry in Input，保存为xyz格式文件或更新到AMSinput窗口。 | ||
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| + | =====关于PES Exploration的更多技巧===== | ||
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adf/pesexploration.1668397883.txt.gz · 最后更改: 2022/11/14 11:51 由 liu.jun