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atk:neb方法研究pt在pt表面的扩散

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atk:neb方法研究pt在pt表面的扩散 [2016/11/02 16:41] – [分析结果] dong.dongatk:neb方法研究pt在pt表面的扩散 [2016/11/02 18:39] – [参考文献] dong.dong
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 ======NEB方法研究Pt在Pt表面的扩散====== ======NEB方法研究Pt在Pt表面的扩散======
 =====前言===== =====前言=====
-文中将演示如何使用 Nudged Elastic Band (NEB) 方法研究扩散及其能垒。作为范例,将计算 Pt 原子在 Pt(100) 表面两种不同扩散机制的能垒 <sup>[1][2]</sup>。主要包含如下内容:+教程演示如何使用 Nudged Elastic Band (NEB) 方法研究扩散反应及其能垒。作为范例,将计算 Pt 原子在 Pt(100) 表面两种不同扩散机制的能垒 <sup>[1][2]</sup>尤其值得一提的是,VNL中提供了高质量的、方便易用的NEB初始反应路径创建工具,能够创建更合理的NEB初始路径,大幅减少NEB优化步数和时间,详见【[[http://www.fermitech.com.cn/vnl-atk/neb-better-initial-guess/|更合理的NEB初始路径猜测]]】。 
 +主要包含如下内容:
   * 创建并使用 ATK-Classical 优化 Pt 晶体结构;   * 创建并使用 ATK-Classical 优化 Pt 晶体结构;
   * 创建包含一个吸附 Pt 原子的 Pt(100) 表面;   * 创建包含一个吸附 Pt 原子的 Pt(100) 表面;
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 关于构建、优化 NEB 计算的参数的更详细信息,请参阅[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/ATK-2015.beta/ReferenceManual/XHTML/index.html|ATK manual]],尤其是关于[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/latest/ReferenceManual/index.html/ref.nudgedelasticband.html|NudgedElasticBand]]一节,以及[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/latest/ReferenceManual/index.html/ref.optimizenudgedelasticband.html|OptimizeNudgedElasticBand]]功能。 关于构建、优化 NEB 计算的参数的更详细信息,请参阅[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/ATK-2015.beta/ReferenceManual/XHTML/index.html|ATK manual]],尤其是关于[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/latest/ReferenceManual/index.html/ref.nudgedelasticband.html|NudgedElasticBand]]一节,以及[[http://www.quantumwise.com/documents/manuals/latest/ReferenceManual/index.html/ref.optimizenudgedelasticband.html|OptimizeNudgedElasticBand]]功能。
  
-<WRAP center round box 100%>+<WRAP center box 100%>
 === 注意 === === 注意 ===
 NEB 方法需要用户对初始结构、末态结构以及路径进行预先设定,这通常是必须的。不过,使用其他非常强大方法,比如 ATK 内置的全新的 Adaptive Kinetic Monte Carlo (AKMC) 工具,即使不给定末态结构和猜测路径,通过计算也能获得与本例完全一样的信息。 NEB 方法需要用户对初始结构、末态结构以及路径进行预先设定,这通常是必须的。不过,使用其他非常强大方法,比如 ATK 内置的全新的 Adaptive Kinetic Monte Carlo (AKMC) 工具,即使不给定末态结构和猜测路径,通过计算也能获得与本例完全一样的信息。
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 <WRAP center round box 100%> <WRAP center round box 100%>
-注意:通过 [[http://quantumwise.com/publications/tutorials/item/872-adaptive-kinetic-monte-carlo-simulation-of-pt-on-pt-100|AKMC方法]] 计算得到得到的结果精确地与此一致,并未该体系的势能面预知信息。+注意:通过 [[http://quantumwise.com/publications/tutorials/item/872-adaptive-kinetic-monte-carlo-simulation-of-pt-on-pt-100|AKMC方法]] 计算得到得到的结果精确地与此一致,该方法并不需要知道体系的势能面的任何信息。
 </WRAP> </WRAP>
 =====结论===== =====结论=====
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 =====参考文献===== =====参考文献=====
- +  * [1] G.L. Kellog and P.J. Feibelman “Surface Self-Diffusion on Pt(001) by an Atomic Exchange Mechanism” Phys. Rev. Lett. 64, 3143 (1990) PhysRevLett.64.3143 
-[1] G.L. Kellog and P.J. Feibelman “Surface Self-Diffusion on Pt(001) by an Atomic Exchange Mechanism” Phys. Rev. Lett. 64, 3143 (1990) PhysRevLett.64.3143 +  [2] P.J. Feibelman “Surface-diffusion mechanism versus electric field: Pt/Pt(001)” Phys. Rev. B 64, 125403 (2001) PhysRevB.64.125403 
- +  [3] X.W. Zhou, et al. “Misfit-energy-increasing dislocations in vapor-deposited CoFe/NiFe multilayers” Phys. Rev. B 69, 144113 (2004) PhysRevB.69.144113 
-[2] P.J. Feibelman “Surface-diffusion mechanism versus electric field: Pt/Pt(001)” Phys. Rev. B 64, 125403 (2001) PhysRevB.64.125403 +  [4] Smidstrup et al. “Improved initial guess for minimum energy path calculations” J. Chem. Phys. 140, 214106 (2014)  
- +  * 英文教程原文:http://docs.quantumwise.com/tutorials/neb_pt.html
-[3] X.W. Zhou, et al. “Misfit-energy-increasing dislocations in vapor-deposited CoFe/NiFe multilayers” Phys. Rev. B 69, 144113 (2004) PhysRevB.69.144113 +
- +
-[4] Smidstrup et al. “Improved initial guess for minimum energy path calculations” J. Chem. Phys. 140, 214106 (2014) link+
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