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--- atk:如何弛豫器件体系的几何结构 [2016/09/19 16:11] – [中心区域弛豫] dong.dong
+++ atk:如何弛豫器件体系的几何结构 [2016/12/08 11:08] – [如何弛豫器件体系的几何结构] dong.dong
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 ====== 如何弛豫器件体系的几何结构 ======
-在这篇教程中，你会学习到如何利用“刚性”（rigid body）结构限制和简单的优化步骤，来快速、可靠的弛豫一个器件结构的内坐标。
+在使用VNL-ATK进行器件（Device）模型的计算时，如何进行可靠的进行结构优化是常常困扰用户，尤其是初学者的重要问题。在这篇教程中，你会学习到如何利用“刚性”（rigid body）结构限制和简单的优化步骤，来快速、可靠的弛豫一个器件结构的内坐标。
+本教程中针对的是一个 A、B 方向上为周期性结构的 “三维” 器件，尤其值得注意的是两端电极是不同种材料构成，这导致了在构建界面时的晶格匹配和由于 A、B 方向应力导致的 C 方向的伸缩，类似的体系还包括：
+  * 磁性隧道结一类的多层结构；
+  * 同种材料的不同晶向构成电极。
+两端电极相同时，不会存在晶格匹配和应力问题，但这里介绍的优化方法也同样适用。
+<WRAP center info 100%>
+=== 提示 ===
+**本教程使用特定版本的VNL-ATK创建，因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别，请在学习时务必注意。**
+</WRAP>
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-===== 两电极器件的1DMIN 优化 =====
+===== 两电极器件的 1DMIN 优化 =====
-我们现在可以搜索器件全局最小能量结构了。通过Save as,将器件结构保存为NetCDF文件，并命名为“device_in.nc”。
+我们现在可以搜索器件全局最小能量结构了。通过 Save as,将器件结构保存为 NetCDF 文件，并命名为 “device_in.nc”。
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-现在我们将用SciPy minimization程序搜索可以使能量最小化的中心区域长度。我们将从device_in.nc的器件结构开始。
+现在我们将用 SciPy minimization 程序搜索可以使能量最小化的中心区域长度。我们将从 device_in.nc 的器件结构开始。
-我们需要两个脚本：[[http://docs.quantumwise.com/_downloads/device4.py#ag-au-interface| device_relaxation/device.py]]和[[http://docs.quantumwise.com/_downloads/optimize1.py#ag-au-interface| device_relaxation/optimize.py]]。将两个脚本和device_in.nc放在同一个目录下。第一个脚本是读取结构并设置计算参数，第二个脚本包含了计算所需的类和函数的定义。
+我们需要两个脚本：{{ :atk:device.zip |}}和{{ :atk:optimize.zip |}}。将两个脚本和 device_in.nc 放在同一个目录下。第一个脚本是读取结构并设置计算参数，第二个脚本包含了计算所需的类和函数的定义。
 <WRAP center round info 100%>
-**注意**
+=== 注意 ===
-利用device.py 计算其他体系，需要修改脚本，设定相应的势以便能够处理新体系。
+利用 device.py 计算其他体系，需要修改脚本，设定相应的势以便能够处理新体系。
 </WRAP>
-两个脚本都可以在VNL的Project Files中看到。拖拽device.py至Jobs，并运行脚本。
+两个脚本都可以在 VNL 的 Project Files 中看到。拖拽 device.py 至 Jobs，并运行脚本。
-一旦计算完成，将会出现一个数据图窗口。蓝色点是弛豫结构的总能量。晶胞的最初长度是28.51 Å，其他的蓝点是算法模拟出来的结果。其中位于28.58 Å的红色点为中心区域能量最低的点。优化程序只简单地绘制出所示的势能曲线，并找到它的最小值。
+一旦计算完成，将会出现一个数据图窗口。蓝色点是弛豫结构的总能量。晶胞的最初长度是 28.51 Å，其他的蓝点是算法模拟出来的结果。其中位于28.58 Å 的红色点为中心区域能量最低的点。优化程序只简单地绘制出所示的势能曲线，并找到它的最小值。
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 手动关闭弹出的窗口可以结束脚本运行。
-弛豫器件结构保存在输出文件“device_out.nc”，并包含总能量。红色点处的结构（最终找到的能连个最低点）是最后一个器件结构（id最大的那一个）。
+弛豫器件结构保存在输出文件 “device_out.nc”，并包含总能量。红色点处的结构（最终找到的能连个最低点）是最后一个器件结构（id 最大的那一个）。
-在**Viewer**中，能量最小点的结构如图所示：
+在 **Viewer** 中，能量最小点的结构如图所示：
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-这个例子里，1DMIN弛豫后结构与BRR弛豫的结构相比较，变化十分细微。这可以看出，通常情况BRR方法的结果已经足够精确，并不需要再进行1DMIN的步骤。1DMIN仅用于极其精确的计算。
+这个例子里，1DMIN 弛豫后结构与 BRR 弛豫的结构相比较，变化十分细微。这说明通常情况 BRR 方法的结果已经足够精确，并不需要再进行 1DMIN 的步骤。1DMIN 仅用于极其精确的计算。
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 ===== 信息图 =====
-下载pdf,[[http://docs.quantumwise.com/_downloads/infographics_device_relaxation.pdf#ag-au-interface| Infographics]]。点击顶部按钮查看图片。
+下载pdf版的[[http://docs.quantumwise.com/_downloads/infographics_device_relaxation.pdf#ag-au-interface| Infographics]]。点击顶部按钮查看图片。
 ===== 参考 =====
-  * 英文教程：[[http://docs.quantumwise.com/tutorials/device_relaxation.html|英文]]。
+  * 英文原文：[[http://docs.quantumwise.com/tutorials/device_relaxation.html]]。
+  * 中文翻译：闫强。
-本文翻译：闫强

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