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--- atk:使用vnl-atk进行计算模拟的一般操作步骤 [2016/01/09 17:36] – [建模工具] fermi
+++ atk:使用vnl-atk进行计算模拟的一般操作步骤 [2018/08/12 16:07] – [输出文件] fermi
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-====== 开始新的计算 ======
+====== 使用QuantumATK进行计算模拟的一般操作步骤 ======
-和很多其他的计算模拟工具一样，VNL-ATK提供了一整套方便易用的工具，涵盖模型构建、计算设置、计算任务提交和管理、结果分析与可视化等所有必备的功能。
+===== 计算中涉及的文件 =====
+==== 输入文件 ====
+QuantumATK计算的输入文件是一个 Python（什么是Python语言？）格式的计算脚本（Script），文件通常命名为“''*.py''”。计算脚本中通常包含两个部分：模型的几何结构信息；要进行的计算流程。
+=== 创建计算脚本 ===
+VNL中提供的Script Generator是创建计算脚本的最佳方式，使用这个方法可以快速的设置计算。
+=== 计算脚本的详细度 ===
+在设置计算并保存脚本时，可以有两个详细程度“Minimal”和“Show Default”，它们的区别是：
+  * “**Minimal**”：仅在脚本中写入用户手动调整的、与默认值不同的参数；
+  * “**Show Default**”：将所有计算中涉及的参数与默认值都写入脚本，方便用户了解默认值的情况。
+在计算的效果上，这两种方法生成的脚本不会有差别。
+==== 输出文件 ====
+QuantumATK将所有计算结果的详细数据都保存在一个HDF5格式文件中，文件的扩展名默认为“''.hdf5''”。（从2018版开始QuantumATk不再支持NetCDF/nc文件的写操作，但支持读入操作）
+=== 如何读取hdf5文件中的数据 ===
+  * hdf5 件是二进制文件，其中的数据可以在 NanoLab 图形界面中查看，无法用文本编辑器打开。
+  * hdf5 文件中的数据除了在 NanoLab 直接查看并可视化之外，还可以使用 QuantumATK 提供的 Python 工具读取并导出。
+=== log 文件 ===
+QuantumATK会将计算过程的概要信息输出到标准输出。用户可以将 log 信息重定向至指定的文件，以备查看。log 文件中通常包含重要的提示、警告和错误信息，对于判断计算过程是否正常十分重要。
+===== 开始新的计算 =====
+和很多其他的计算模拟工具一样，QuantumATK提供了一整套方便易用的工具，涵盖模型构建、计算设置、计算任务提交和管理、结果分析与可视化等所有必备的功能。
+基本步骤：
+  - 使用**Builder**进行模型构建；
+  - 使用**Script Generator**与**Script Editor**进行计算设置；
+  - 使用**Job Manager**进行计算任务提交和管理；
+  - 使用**LabFloor**和**Analyzer**进行结果分析与可视化。
+{{:atk:vnl-atk-workflow.png?600 |}}
+===== 在已有计算的基础上进一步分析其他性质 =====
+<WRAP center round important 100%>
+从2016版开始，所有分析计算都将消耗一个master，用户需要在能获得master license的机器上进行计算。与此相对的，进行NEB、IVCurve等多个并行的自洽的计算作业不再需要多个master，而是只需要1个master，并使用多个slave并行，这将大大优化计算license使用效率。
+</WRAP>
+如果用户已经对某一模型进行过一些计算，而在之后的研究中想使用同样的方法继续分析其他的性质，则可以选择使用“''Analysis from File''”的功能，不必重新设置计算。这样做可以节省自洽电子密度的计算量。
-====== 在已有计算的基础上进一步分析其他性质 ======

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