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atk:使用metadynamics动力学方法研究cu_111_中cu空位的扩散_plumed [2020/02/07 15:33] – [在 Cu(111) 上创建一个空位] fermi | atk:使用metadynamics动力学方法研究cu_111_中cu空位的扩散_plumed [2020/02/07 15:43] – [创建 Metadynamics 脚本] fermi |
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===== 创建 Metadynamics 脚本 ===== | ===== 创建 Metadynamics 脚本 ===== |
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现在您已经准备好创建执行 metadynamics 模拟的脚本了。将结构从 **Stash** 发送到 {{:atk:script_generator.png?direct&25|}} **Script Generator** ,按照如下设置脚本: | 现在您可以开始创建 metadynamics 模拟的脚本了。将结构从 **Stash** 发送到 {{:atk:script_generator.png?direct&25|}} **Script Generator** ,按照如下设置脚本: |
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1.添加以下模块 | 1.添加以下模块 |
* {{:atk:optimization.png?direct&25|}} Optimization {{:atk:arrow.png?direct&5|}} MolecularDynamics | * {{:atk:optimization.png?direct&25|}} Optimization {{:atk:arrow.png?direct&5|}} MolecularDynamics |
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{{ :atk:script2-20191228.png |}} | {{ :atk:script2-20191228.png?500 |}} |
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2.双击 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **ForceFieldCalculator** 模块,使用“//EAM_Cu_2001b//”参数组。 | 2.双击 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **ForceFieldCalculator** 模块,使用“//EAM_Cu_2001b//”参数组。 |
3.打开 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **MolecularDynamics** 模块,如下图设置模拟参数: | 3.打开 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **MolecularDynamics** 模块,如下图设置模拟参数: |
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{{ :atk:script_md-20191228.png |}} | {{ :atk:script_md-20191228.png?500 |}} |
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4.最后,点击 **Add Constraints**,固定 Cu(111) 最下面已被标记的那 4 层。 | 4.最后,点击 **Add Constraints**,固定 Cu(111) 最下面已被标记的那 4 层。 |
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{{ :atk:md_constraints_editor-20191228.png |}} | {{ :atk:md_constraints_editor-20191228.png?500 |}} |
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在以上输入中,//plumed_command// 部分包括被直接传递到 PLUMED <color #00a2e8>[BBP11]</color> 的输入。 | 在以上输入中,//plumed_command// 部分包括被直接传递到 PLUMED <color #00a2e8>[BBP11]</color> 的输入。 |
| 其中有下面四个命令行: |
有下面四个命令行: | |
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* //UNITS//:这行控制 PLUMED 中采用的单位。如上编辑此行,将会用到 //Å//、//fs// 和 //eV// 这些单位。 | * //UNITS//:这行控制 PLUMED 中采用的单位。如上编辑此行,将会用到 //Å//、//fs// 和 //eV// 这些单位。 |
* //p//:这行是用来定义约束的原子,在本例中是索引为 $81$ 的原子。 | * //p//:这行是用来定义约束的原子,在本例中是序号为 $81$ 的原子。 |
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<WRAP center important 100%> | <WRAP center important 100%> |
=== 注意 === | === 注意 === |
这个数值是根据 [[https://www.plumed.org/|PLUMED]] 中使用的索引设置的,在 **QuantumATK** 中原子的索引号从 $1$ 开始,而不是 $0$。因此这个值应被设置为“//索引//+1 号原子”,这里的原子//索引//是指被约束原子的索引。 | 这个数值是根据 [[https://www.plumed.org/|PLUMED]] 中使用的序号设置的,在 **QuantumATK** 中原子的序号从 $1$ 开始,而不是 $0$。因此这个值应被设置为“//序号//+1 号原子”,这里的原子//序号//是指被约束原子的序号。 |
</WRAP> | </WRAP> |
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