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| atk:使用metadynamics动力学方法研究cu_111_中cu空位的扩散_plumed [2020/02/07 15:31] – [理论背景] fermi | atk:使用metadynamics动力学方法研究cu_111_中cu空位的扩散_plumed [2020/02/07 15:43] – [创建 Metadynamics 脚本] fermi |
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| 在 {{:atk:builder.png?direct&25|}} **Builder**，点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} From Database，导入“//Copper//”。然后点击 Builders {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Surface (Cleave)，利用以下设置构造一个 Cu(111) 面： | 在 {{:atk:builder.png?direct&25|}} **Builder**，点击 Add {{:atk:arrow.png?direct&5|}} From Database，导入“//Copper//”。然后点击 Builders {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Surface (Cleave)，利用以下设置构造一个 Cu(111) 面： |
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| * 设置弥勒指数为 <111> | * 设置 Miller 指数为 <111> |
| * 采用下图所示的表面晶格： | * 采用下图所示的表面晶格： |
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| {{ :atk:surface_lattice_424-20191228.png?600 |}} | {{ :atk:surface_lattice_424-20191228.png?500 |}} |
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| * 设置平面外晶胞矢量为“Non-periodic and normal (slab)” | * 设置平面外晶胞矢量为“Non-periodic and normal (slab)” |
| * 设置厚度为 6 层，真空间隙为 10 Å。 | * 设置厚度为 6 层，真空间隙为 10 Å。 |
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| {{ :atk:surface_slab-20191228.png |}} | {{ :atk:surface_slab-20191228.png?500 |}} |
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| 接下来，删除最上面那层坐标为 $(x,y) = (0,0)$ 的原子（下图中红色部分），创造出一个空位： | 接下来，删除最上面那层坐标为 $(x,y) = (0,0)$ 的原子（下图中红色部分），创造出一个空位： |
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| {{ :atk:vacancy_site-20191228.png?600 |}} | {{ :atk:vacancy_site-20191228.png?500 |}} |
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| 最后，点击 Selection Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Tags，标记 Cu(111) 最下面的 4 层。此标记将用于在 metadynamics 模拟过程中对它们的固定。 | 最后，点击 Selection Tools {{:atk:arrow.png?direct&5|}} Tags，标记 Cu(111) 最下面的 4 层。此标记将用于在 metadynamics 模拟过程中对它们的固定。 |
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| {{ :atk:tag_selection0-20191228.png |}} | {{ :atk:tag_selection0-20191228.png?500 |}} |
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| ===== 创建 Metadynamics 脚本 ===== | ===== 创建 Metadynamics 脚本 ===== |
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| 现在您已经准备好创建执行 metadynamics 模拟的脚本了。将结构从 **Stash** 发送到 {{:atk:script_generator.png?direct&25|}} **Script Generator** ，按照如下设置脚本： | 现在您可以开始创建 metadynamics 模拟的脚本了。将结构从 **Stash** 发送到 {{:atk:script_generator.png?direct&25|}} **Script Generator** ，按照如下设置脚本： |
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| 1.添加以下模块 | 1.添加以下模块 |
| * {{:atk:optimization.png?direct&25|}} Optimization {{:atk:arrow.png?direct&5|}} MolecularDynamics | * {{:atk:optimization.png?direct&25|}} Optimization {{:atk:arrow.png?direct&5|}} MolecularDynamics |
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| {{ :atk:script2-20191228.png |}} | {{ :atk:script2-20191228.png?500 |}} |
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| 2.双击 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **ForceFieldCalculator** 模块，使用“//EAM_Cu_2001b//”参数组。 | 2.双击 {{:atk:calculator.png?direct&25|}} **ForceFieldCalculator** 模块，使用“//EAM_Cu_2001b//”参数组。 |
| 3.打开 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **MolecularDynamics** 模块，如下图设置模拟参数： | 3.打开 {{:atk:optimization.png?direct&25|}} **MolecularDynamics** 模块，如下图设置模拟参数： |
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| {{ :atk:script_md-20191228.png |}} | {{ :atk:script_md-20191228.png?500 |}} |
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| 4.最后，点击 **Add Constraints**，固定 Cu(111) 最下面已被标记的那 4 层。 | 4.最后，点击 **Add Constraints**，固定 Cu(111) 最下面已被标记的那 4 层。 |
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| {{ :atk:md_constraints_editor-20191228.png |}} | {{ :atk:md_constraints_editor-20191228.png?500 |}} |
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| 在以上输入中，//plumed_command// 部分包括被直接传递到 PLUMED <color #00a2e8>[BBP11]</color> 的输入。 | 在以上输入中，//plumed_command// 部分包括被直接传递到 PLUMED <color #00a2e8>[BBP11]</color> 的输入。 |
| | 其中有下面四个命令行： |
| 有下面四个命令行： | |
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| * //UNITS//：这行控制 PLUMED 中采用的单位。如上编辑此行，将会用到 //Å//、//fs// 和 //eV// 这些单位。 | * //UNITS//：这行控制 PLUMED 中采用的单位。如上编辑此行，将会用到 //Å//、//fs// 和 //eV// 这些单位。 |
| * //p//：这行是用来定义约束的原子，在本例中是索引为 $81$ 的原子。 | * //p//：这行是用来定义约束的原子，在本例中是序号为 $81$ 的原子。 |
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| <WRAP center important 100%> | <WRAP center important 100%> |
| === 注意 === | === 注意 === |
| 这个数值是根据 [[https://www.plumed.org/|PLUMED]] 中使用的索引设置的，在 **QuantumATK** 中原子的索引号从 $1$ 开始，而不是 $0$。因此这个值应被设置为“//索引//+1 号原子”，这里的原子//索引//是指被约束原子的索引。 | 这个数值是根据 [[https://www.plumed.org/|PLUMED]] 中使用的序号设置的，在 **QuantumATK** 中原子的序号从 $1$ 开始，而不是 $0$。因此这个值应被设置为“//序号//+1 号原子”，这里的原子//序号//是指被约束原子的序号。 |
| </WRAP> | </WRAP> |
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