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atk:从轨迹文件创建动画

从轨迹文件创建动画

本文介绍从(分子动力学、结构优化、NEB等)计算得到的轨迹数据创建动画的方法。凡是由QuantumATK计算得到的轨迹数据或从其他计算软件导入的数据都可以用这里介绍的方法制作动画。

以NEB轨迹为例制作GIF动图

  1. 在LabFloor里找到NudgedElasticBand数据对象,点击右侧 Movie Tool;
  2. 点击Properties设置合适的角度、颜色、缩放比例等;
  3. 右单击结构,选择Export Animated GIF;
  4. 选择保存位置和文件名;
  5. OK!

旋转结构动图

VNL还可以通过Rotation Animator制作一个静态结构的旋转动图,方法是:

  1. 选择结构、电荷密度、电势等三维数据,用Viewer打开;
  2. 点击Properties设置合适的颜色、缩放比例等;
  3. 点击Rotation Animator工具;
  4. 设定参数,一步制作旋转GIF动图。

创建视频文件

创建诸如avi格式的视频文件需要下载额外的编码器MEncoder

  • 在Linux系统中,可以通过包管理器直接安装(Ubuntu系统参见https://help.ubuntu.com/community/MEncoder);
  • 在Windows系统中,可以从http://mplayerwin.sourceforge.net/downloads.html下载二进制文件,并解压缩mencoder.exe和fonts文件夹到一个文件夹(该文件夹需包含在环境变量PATH中)
  • 右单击结构选择Export frames;
  • 点OK开始导出;
  • 手工从导出的全部帧创建动画视频:执行./encode或
mencoder mf://GNR_buckle*.png -o GNR_buckle.avi -ovc lavc -lavcopts \
vcodec=msmpeg4v2:autoaspect:vbitrate=2160000:mbd=2:keyint=132:vqblur=1.0:cmp=2:subcmp=2:dia=2:mv0:last_pred=3 \
-mf w=800:h=600:fps=5:type=png

得到avi文件

  • 创建flv文件:
mencoder mf://GNR_buckl*.png -o GNR_buckle.flv -of lavf -oac mp3lame \
-lameopts abr:br=56 -srate 22050 -ovc lavc \
-lavcopts vcodec=flv:vbitrate=500:mbd=2:mv0:trell:v4mv:last_pred=3 \
-mf w=512:h=512:fps=10:type=png
atk/从轨迹文件创建动画.txt · 最后更改: 2018/03/20 22:26 由 liu.jun

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