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两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版后一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:tssexample [2019/12/04 17:32] – [ADF搜索过渡态典型案例] liu.jun | adf:tssexample [2019/12/04 22:36] – liu.jun | ||
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本教程软件版本AMS2019.301。 | 本教程软件版本AMS2019.301。 | ||
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ADF搜索过渡态一般分为如下几个步骤: | ADF搜索过渡态一般分为如下几个步骤: | ||
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- 计算Linear Transit得到的最高点(即近似的过渡态“鞍点”)的频率; | - 计算Linear Transit得到的最高点(即近似的过渡态“鞍点”)的频率; | ||
- 使用Transition State Search(以后简称为TSS)功能搜索真正的精确的过渡态; | - 使用Transition State Search(以后简称为TSS)功能搜索真正的精确的过渡态; | ||
- | - 计算TSS得到的过渡态的频率,校验是不是有且仅有一个虚频,并且该虚频对应的振动模式分别向反应物、产物方向振动; | + | - 计算TSS得到的过渡态的频率,校验是不是有且仅有一个虚频,并且该虚频对应的振动模式分别向反应物、产物方向振动,同时得到Gibbs自由能; |
- | - 从过渡态的虚频沿着正负方向振动一帧(或三帧)分别得到倾向反应物和产物的结构,分别优化之,分别得到反应物和产物的稳定结构,并与一开始设想的反应物、产物结构对比,从而确定是单步反应还是多步反应。 | + | - 从过渡态的虚频沿着正负方向振动一帧(或三帧)分别得到倾向反应物和产物的结构,分别优化之,分别得到反应物和产物的稳定结构,并与一开始设想的反应物、产物结构对比,从而确定是单步反应还是多步反应; |
+ | - 计算精确优化的反应物、产物的Gibbs自由能,得到活化能 | ||
=====1,优化反应物结构===== | =====1,优化反应物结构===== | ||
行 142: | 行 142: | ||
- 注意在计算能量的时候,需要用相同的参数(基组、泛函、数值精度等)。因此,一般在优化好反应物、产物、过渡态之后,可以统一的比较高精度的参数计算一下三个结构的单点能或Gibbs自由能作为三者的能量。 | - 注意在计算能量的时候,需要用相同的参数(基组、泛函、数值精度等)。因此,一般在优化好反应物、产物、过渡态之后,可以统一的比较高精度的参数计算一下三个结构的单点能或Gibbs自由能作为三者的能量。 | ||
- 即使初始的反应路径猜测的不是很准确,甚至是错误的,最后也能通过这个过程,得到正确的反应路径。 | - 即使初始的反应路径猜测的不是很准确,甚至是错误的,最后也能通过这个过程,得到正确的反应路径。 | ||
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+ | ADF软件提供**免费试用**(一般为一个月),试用申请方式参见**:[[adf: |