本文以甲烷燃烧为例，燃烧过程中不断生成CO₂和H₂O，版本要求AMS2020，使用ReaxFF模块完成。

ADFinput > Edit > Builder创建O₂与CH₄的混合物：

选择力场：

点击Task：Molecular Dynamics后面的 > 按钮，设置分子动力学模拟详细参数：步数（此处设置为4万步）、步长（此处默认0.25fs）、sample frequency（每多少步保存一次轨迹）：

点击Thermostat后面的>按钮，设置温度。如果只设置温度则为NVT系综，如果设置温度的同时设置Barostat则为NPT系综。

NPT系综，一般建议在原子个数非常多，例如几万原子的情况下才使用。否则压强涨落太剧烈，可以达到几千MPa，原子个数越多，涨落越小，这本身也是符合物理事实的。

只需要设置系综实现的方案Thermostat（实现NVT系综的算法）、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为5fs，对结果影响不大。

恒温：温度如果只设置了一个，则不需要设置Duration(s)，整个模拟过程都是该温度

包含保温过程：Duration(s)的数字个数比温度的数字个数少1个。如上图所示的设置，表示：起始温度298K，经历3000步升温到1300K，然后保温3000步，然后经历3000步升温到4300K，然后保温20000步，然后经历3000步降温到298K，298K直到结束。

在Thermostat设置的基础上增加Barostat的设置，压强的设置方式类似温度。

SCM - Movie - MD Properties - Temperature：

可以看到温度的变化如同设置的效果。温度曲线大致与能量曲线重合，这是因为温度的变化引起动能的变化。而高温区域不再重合，表示高温区域发生了反应，释放了热量，因此导致能量升高。这里的能量是总能量=动能（每一帧中，原子的运动速度决定）+势能（每一帧中，整个体系的构型决定）。 Graph - Delete graph可以删除该曲线的显示。

SCM - Movie - MD Properties - Molecules

例如：

此时横坐标是帧数，可以改为时间：MD Properties - Time在该窗口同时显示时间线（一条斜向上的直线），Graph - Curve on X Axes，时间被转换为X轴。

曲线的导出：Graph - Save as XY，可以保存为文本文件，包含XY两列数据。

这基于AdvancedWF模块的ChemTraYzer与ChemTraYzer2.0。

SCM - Movie - MD Properties - Reaction Event Detection：ChemTraYzer(注意ChemTraYzer只适用于小分子体系)

其中第一、二框中的数字，输入要分析的时间段（从time step的第6000步开始，分析随后的20000步这段时间内，也就是第6001~26000步之间）发生的化学反应的情况（但实际目前这两个参数不起作用了，默认分析所有步，因此保持默认即可）；Recorssing filter建议保持默认值（200-250之间）。

然后点击Process方框，等到右下角显示ready之后，即表示分析完毕，可以显示出来了。点击Browse按钮，弹出结果窗口（这实际上是用浏览器打开了*.results/scmtrayzer/overview.svg文件，推荐Chrome，edge等浏览器，某些旧版本浏览器会导致→没有箭头）：

• 首页是排名前五的“反应物”、产物，以及发生次数最多的前五个反应
• 分子结构都可以点击而得到该分子的“来源”（参与过的基元反应的反应物有哪些）与“去向”（参与过的基元反应的产物有哪些）
• 右上角有其他汇总信息，例如所有反应、所以物种、时间线（每种物质首次出现的时间线）等等
• 速率常数：基元反应箭头上方的数值为反应速率常数，但该速率常数单位与化工中单位不一样，单位换算，参考：ReaxFF得到的速率常数，单位是什么？如何转换为常用单位？

ChemTrazYer 2，对大分子反应也能够很好支持，并能给出实验单位反应速率常数