差别

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--- adf:propylacetoneinwater [2017/03/27 19:43] – [FDE方法精确考虑溶剂的影响] liu.jun
+++ adf:propylacetoneinwater [2020/10/13 21:11] – [参数设置] liu.jun
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-====== 亚丙基丙酮在水分子环绕下的紫外光谱计算======
+====== 精确溶剂化方法FDE计算溶质的紫外光谱计算======
-=====结构优化=====
-FDE方法是一种显式溶剂方法，也就是要把溶剂分子与溶质分子都在ADFinput中画出来，需要指明其位置。本例中只是简单地认为溶质周围有3个水分子。[[https://www.jianguoyun.com/p/DbcWF0IQmZ2ZBhiM7ig|优化（使用了色散修正泛函，并且由于溶剂分子对溶质分子的影响较小，所以优化没有严格收敛即中止，使用其中能量最低的结构直接进行计算。读者如果有兴趣的话，可以严格收敛之后去计算紫外吸收谱，会发现结果几乎没有差别）计算文件下载]]
 =====FDE方法精确考虑溶剂的影响=====
-FDE方法参考：[[adf:fdemethod]]。[[https://www.jianguoyun.com/p/DeTcQcoQmZ2ZBhi57ig|激发态计算文件下载点击]]。
+理论参考：[[adf:fdemethod]]。
+本例分子结构：
+<code>
+C      -1.23174200      -0.67677500      -1.86976600
+C      -0.52638000      -0.28484800      -0.60107500
+C      -1.19636100       0.78511900       0.21337600
+C       0.64033800      -0.89620600      -0.26380600
+C       1.46404800      -0.61893500       0.91182700
+C       2.68861000      -1.49214000       1.10358100
+O       1.23357700       0.31454500       1.70629100
+H      -0.67065000      -1.41408500      -2.45588000
+H      -1.40622600       0.21699500      -2.48972200
+H      -2.22525300      -1.08963500      -1.63255000
+H      -1.14058200       0.56857600       1.28644500
+H      -2.24403100       0.90562100      -0.09039000
+H      -0.68940600       1.75352700       0.06956500
+H       1.01874600      -1.67422400      -0.92892200
+H       3.08197900      -1.37624400       2.11860900
+H       3.46736600      -1.17214000       0.39209200
+H       2.46961500      -2.54811200       0.89655100
+O       0.78106400       3.33865100       1.49688500
+H       0.58759100       2.40752000       1.73488500
+H       1.65755900       3.25142800       1.03909500
+O       3.35124800       1.54283800       3.04430000
+H       2.56336200       1.00595600       2.75883600
+H       2.94637400       2.34540200       3.44353900
+O       3.27784300       2.39931600       0.33968000
+H       3.50799200       2.13180000       1.27275900
+H       2.71636800       1.65760600       0.03185200
+</code>
 ====参数设置====
 将体系分为两个区域（溶剂、溶质两个区域），分区的操作如果不熟悉，可以参考[[adf:creatregion]]
@@ 行 15: / 行 43: @@
 {{ :adf:fdeforsolvation05.png?600 |}}
+{{ :adf:fdeforsolvation07.png?600 |}}
 单独为H指定较小的基组DZP（不冻芯）
 {{ :adf:fdeforsolvation09.png?600 |}}
-{{ :adf:fdeforsolvation07.png?600 |}}
 FDE方法必须使用STO拟合电子密度：
@@ 行 29: / 行 56: @@
 {{ :adf:fdeforsolvation10.png?600 |}}
-点击下图中➕，设置water分区为FDE分区，并勾选Relax表示考虑溶剂、溶质的互相影响：
+点击下图中＋，设置water分区为FDE分区，并勾选Relax表示考虑溶剂、溶质的互相影响：
 {{ :adf:fdeforsolvation08.png?600 |}}
+勾选Relax，将会反复计算两个分区，直到达到平衡，如果不勾选，计算量则小很多。
+**<color blue>Multilevel - Use fragment 勾选</color>**
 保存并提交任务，参考：[[adf:maintance]]
 ====结果查看====
-点击ADF LOGO > Spectra，显示溶质的紫外吸收光谱：
+点击ADF LOGO > Spectra，显示溶质的紫外吸收光谱。默认横坐标是Hartree，Axes - Horizontal Unit可以修改为nm：
 {{ :adf:fdeforsolvation11.png?600 |}}
 两个吸收峰如图中绿色框所示，其中波长最长的吸收峰非常低。点击下方绿框内具体的吸收峰，右下方将用蓝色数字显示其构造（由哪个占据轨道跃迁到哪个空轨道，点击蓝字，可以分别将两个轨道的形状显示出来），并可以调整显示的效果（参考：[[adf:others]]）
+  * 计算有机物的紫外可见吸收谱，往往使用B3LYP能得到很好的结果，但该泛函不适用于多金属中心体系
+  * 选择菜单栏Axes - Molar Adsorption Coefficient，将显示摩尔吸收系数
+  * 横坐标单位为Hartree，点击菜单栏Axes - Horizontal Unit - nm可以修改为nm，但是注意横坐标不要出现负值，否则转换的时候会报错
+  * 吸收峰的强度只要不为0，往往在实验中就能观察到

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