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adf:nmr-openshell

差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

到此差别页面的链接

两侧同时换到之前的修订记录前一修订版
后一修订版		前一修订版
上一修订版两侧同时换到之后的修订记录
adf:nmr-openshell [2016/09/08 10:30] – liu.junadf:nmr-openshell [2018/04/08 21:11] – [如何使用相对论方法计算开壳层体系NMR化学位移（顺磁、逆磁）] liu.jun
行 1: 行 1:
-======如何计算开壳层体系的NMR化学位移(待完善)======+======如何使用相对论方法计算开壳层体系NMR化学位移（顺磁、逆磁）====== 
 +=====必读===== 
 +推荐参数，参考[[adf:parametersfornmr]]
  
-对开壳层体系的NMR化学位移计算，有两种可选的方式： +对开壳层体系的NMR化学位移计算，ADF2013及其之前的版本，得到的结果对度规不变性，略有损害（非常微小），ADF新版本修正了度规不变性。 
-  - 使用Spin-Orbit方法 + 
-  * 优点：简单方便，因为考虑Spin-Orbit的话，开壳层和闭壳层的概念就消失了，统一的方式进行处理 +注意：ADF计算得到的数据，需要先用计算得到的氢谱或碳谱位移与实验对照，得到平移量，用该平移量来校正所有其他元素、原子的化学位移数据。
-  * 缺点：ADF2013及其之前的版本，得到的结果对度规不变性，略有损害（非常微小） +
-  - 使用Scalar方法 +
-  * 优点：严格的度规不变性 +
-  * 缺点：需要加一个关键词+
  
 以下使用ADF2016进行演示： 以下使用ADF2016进行演示：
  
 +=====参数设置=====
  
 +{{ :adf:socnmr04.png?600 |}}
  
-=====Scalar方法计算开壳层NMR化学位移=====+{{ :adf:socnmr02.png?600 |}}
  
-====参数设置==== +上图中，Shieding for all如果勾选的话，比如勾选H atoms的话，所有H原子的NMR shielding都会被计算，C、P类似。NMR shielding for atoms，则是在左边窗口，选择关心的原子之后，点击加号，则会计算选中的原子。
-与Spin-Orbit非常类似，差别：Spin Polarization、Unrestricted需要正确设置，Relativity设置为Scalar，Symmetry使用默认Auto即可： +
- +
-{{ :adf:socnmr04.png?600 |}}+
  
 保存任务，之后，修改*.run文件。即，增加一行ALLINONE，在nmr输入文件中，如下图所示： 保存任务，之后，修改*.run文件。即，增加一行ALLINONE，在nmr输入文件中，如下图所示：
行 26: 行 23:
 ADFjobs窗口选中任务，之后点击Job >run提交任务，或将*.run文件提交到服务器上运行。不能使用ADFinput > File >run提交，因为这样会覆盖掉刚刚加入的ALLINONE关键词。 ADFjobs窗口选中任务，之后点击Job >run提交任务，或将*.run文件提交到服务器上运行。不能使用ADFinput > File >run提交，因为这样会覆盖掉刚刚加入的ALLINONE关键词。
  
-==== 结果查看====+===== 结果查看===== 
 +在logfile中列出了每个原子总的化学位移： 
 +{{ :adf:nmr-openshell01.png?600 |}} 
 + 
 +点击SCM LOGO > Spectra，显示NMR的强度： 
 + 
 +{{ :adf:socnmr09.jpeg?600 |}} 
 + 
 +点击SCM LOGO > Output > Other Properties > NMR Shielding (NMR Program)，显示出每个原子（如下图中H（8））中的顺磁项、逆磁项、总和： 
 + 
 +<code bash> 
 +################################################################################ 
 +******************************************************************************** 
 +****  N U C L E U S : H(8) 
 +  
 + ADF-GUI atom: H(8) 
 + Internal NMR numbering of atoms: H(8) 
 +  
 + NBO: we are working with a Cartesian (6d/10f) basis 
 +  
 +================================================================================ 
 +  
 +  
 +===  PARAMAGNETIC NMR SHIELDING TENSORS (ppm) 
 +  
 +    ===     paramagnetic b^(1) tensor       ===     paramagnetic u^(1) tensor 
 +    -----------------------------------     ----------------------------------- 
 +           0.000     0.000     0.000              39.451    -0.000    -0.000 
 +           0.000     0.000     0.000              -0.000   -17.054    12.644 
 +           0.000     0.000     0.000              -0.000    12.644    -4.178 
 +    -----------------------------------     ----------------------------------- 
 +              isotropic =      0.000                  isotropic =      6.073 
 + 
 +    ===     paramagnetic s^(1) tensor       ===     paramagnetic gauge tensor 
 +    -----------------------------------     ----------------------------------- 
 +         -23.435     0.000    -0.000             -15.511     0.000    -0.000 
 +           0.000     0.397    -1.827               0.000     0.000     0.000 
 +          -0.000    -1.827    -0.540              -0.000     0.000     0.000 
 +    -----------------------------------     ----------------------------------- 
 +              isotropic =     -7.859                  isotropic =     -5.170 
 + 
 +                        *********************************** 
 +                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION 
 + 
 +                        ==== total paramagnetic tensor 
 +                        ----------------------------------- 
 +                               0.506    -0.000    -0.000 
 +                              -0.000   -16.656    10.817 
 +                              -0.000    10.817    -4.718 
 +                        ----------------------------------- 
 +                                  isotropic =     -6.956 
 + 
 +                        *********************************** 
 +                        ----------------------------------- 
 +                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION 
 + 
 +                        ==== Principal components: 
 + 
 +                             -23.042     0.506     1.668 
 +  
 +                        ==== Principal Axis System: 
 + 
 +                              -0.000     1.000    -0.000 
 +                              -0.861     0.000     0.508 
 +                               0.508     0.000     0.861 
 +                        ----------------------------------- 
 +  
 +================================================================================ 
 +  
 +  
 +===  DIAMAGNETIC NMR SHIELDING TENSORS (ppm) 
 +  
 +    ===       diamagnetic core tensor       ===    diamagnetic valence tensor 
 +    -----------------------------------     ----------------------------------- 
 +           0.000     0.000     0.000              20.573     0.000    -0.000 
 +           0.000     0.000     0.000               0.000    41.131    -9.103 
 +           0.000     0.000     0.000              -0.000    -9.103    30.421 
 +    -----------------------------------     ----------------------------------- 
 +              isotropic =      0.000                  isotropic =     30.708 
 + 
 +                        *********************************** 
 +                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION 
 + 
 +                        ==== total diamagnetic tensor 
 +                        ----------------------------------- 
 +                              20.573     0.000    -0.000 
 +                               0.000    41.131    -9.103 
 +                              -0.000    -9.103    30.421 
 +                        ----------------------------------- 
 +                                  isotropic =     30.708 
 + 
 +                        *********************************** 
 +                        ----------------------------------- 
 +                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION 
 + 
 +                        ==== Principal components: 
 + 
 +                              20.573    25.214    46.337 
 +  
 +                        ==== Principal Axis System: 
 + 
 +                               1.000     0.000    -0.000 
 +                              -0.000     0.496    -0.868 
 +                               0.000     0.868     0.496 
 +                        ----------------------------------- 
 +  
 +================================================================================ 
 +  
 +  
 +===  TOTAL NMR SHIELDING TENSOR (ppm) 
 +  
 +                        *********************************** 
 +                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION 
 + 
 +                        ==== total shielding tensor 
 +                        ----------------------------------- 
 +                              21.079    -0.000    -0.000 
 +                              -0.000    24.475     1.714 
 +                              -0.000     1.714    25.703 
 +                        ----------------------------------- 
 +                                  isotropic =     23.752 
 + 
 +                        *********************************** 
 +                        ----------------------------------- 
 +                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION 
 + 
 +                        ==== Principal components: 
 + 
 +                              21.079    23.268    26.909 
 +  
 +                        ==== Principal Axis System:
  
 +                               1.000     0.000    -0.000
 +                               0.000    -0.818     0.576
 +                               0.000     0.576     0.818
 +                        -----------------------------------
  
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