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后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:nics [2016/05/11 01:13] – 创建 liu.jun | adf:nics [2020/11/18 23:46] – [保存该文件后,运行该文件] liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
- | ====== 如何计算Nucleus Independent Chemical Shifts | + | ====== 如何计算Nucleus Independent Chemical Shifts====== |
- | 1,将[[adf:如何优化分子的几何结构|优化]]好的结构导入ADFinput,并依次设置参数如下图所示: | + | =====参数设置 ===== |
+ | 将[[adf:geoopt2019|优化]]好的结构导入ADFinput,并依次设置参数如下图所示: | ||
- | {{adf: | + | {{ adf: |
- | + | ||
- | 基组、泛函、冻芯可以根据精度的需要,进行相应的调整,详见[[adf: | + | |
在希望计算NICS的位置上,添加Ghost原子,也即元素周期表中右下角的Xx原子 | 在希望计算NICS的位置上,添加Ghost原子,也即元素周期表中右下角的Xx原子 | ||
- | {{adf:nics09.jpg|}} | + | {{ adf:nics02.jpg?650 }} |
在Properties—NMR菜单中将Ghost原子Xx选中,点击下图所示的“+”: | 在Properties—NMR菜单中将Ghost原子Xx选中,点击下图所示的“+”: | ||
- | {{adf:nics10.jpg|}} | + | {{ adf:nics04.jpg?650 }} |
- | + | ||
- | 保存TAPE10文件: | + | |
- | + | ||
- | {{adf: | + | |
取消对称性: | 取消对称性: | ||
- | {{adf:nics04.jpg|}} | + | {{ adf:nics03.jpg?650 }} |
- | 保存*.run文件 | + | =====保存该文件后,运行该文件===== |
- | + | 参考:[[adf: | |
- | {{adf: | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | 2,保存该文件后,运行该文件: | + | |
- | + | ||
- | 1)在Linux下: | + | |
- | * 普通列表项目adfjobs—选中该任务—job—run | + | |
- | * ADFinput—File—Run | + | |
- | * 在run文件所在目录直接执行./ | + | |
- | 2)在Windows下: | + | |
- | * adfjobs—选中该任务—job—run | + | |
- | * ADFinput—File—Run | + | |
- | * 在run文件所在目录直接双击run文件执行,或右键点击run文件,然后选择“运行方式”中带adf图标的方式,运行 | + | |
3,结果查看: | 3,结果查看: | ||
- | 在生成的logfile文件末尾我们可以看到我们需要计算的两个点的化学位移屏蔽张量: | + | 在生成的logfile文件末尾我们可以看到我们需要计算的这个点的NMR屏蔽量(即Gh(1)): |
- | + | ||
- | {{adf: | + | |
- | + | ||
- | 在out文件的末尾也可以看到类似更详细的内容: | + | |
- | {{adf:nics08.jpg|}} | + | < |
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | < | ||
+ | </ | ||
- | 4,NICS: | + | 在out文件的末尾也可以看到类似更详细的内容,包括顺磁、逆磁、总和: |
- | Ghost可以被看作是一个中子,因此该点的NICS的值为该点的屏蔽张量中的各向同性部分乘以-1——也就是logfile中,该点的NMR Shielding值乘以-1。 | + | < |
+ | **** G H O S T : Gh(1) | ||
+ | |||
+ | | ||
+ | ------------------------------------- | ||
+ | 1.5271 | ||
+ | | ||
+ | |||
+ | |||
+ | === PARAMAGNETIC ISOTROPIC NMR SHIELDINGS (ppm) | ||
+ | |||
+ | | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | ------------------------------------------ | ||
+ | total paramagnetic = | ||
+ | ------------------------------------------ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | === DIAMAGNETIC ISOTROPIC NMR SHIELDINGS (ppm) | ||
+ | |||
+ | | ||
+ | diamagnetic valence = 2.596 | ||
+ | ------------------------------------------ | ||
+ | total diamagnetic = 2.596 | ||
+ | ------------------------------------------ | ||
+ | |||
+ | |||
+ | === TOTAL ISOTROPIC NMR SHIELDING (ppm) | ||
+ | |||
+ | ------------------------------------------ | ||
+ | total isotropic shielding = 0.840 | ||
+ | ------------------------------------------ | ||
+ | </ | ||
- | 终。 | + | =====NICS===== |
+ | Ghost可以被看作是一个中子,因此该点的NICS的值为该点的屏蔽张量中的各向同性值(也就是logfile中该点的NMR Shielding值)乘以-1。 | ||
- | ADF软件提供**免费试用**(一般为一个月),试用申请方式参见**费米科技维基百科:[[adf: | + | AMS提供**免费试用**(一般为一个月),试用申请方式参考:[[adf: |