费米维基

用户工具

站点工具

您的足迹: • 由导入的 STL 模型生成 FE 网格 • 2018 年使用 QuantumATK 发表的文章 • 使用Job Manager向远程服务器上提交作业 • 创建分子-表面体系：苯分子在 Au(111) 表面 • BAND常见问题及解决方式[目录] • 使用QuantumATK进行计算模拟的一般操作步骤
adf:nebandtssofband

差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

到此差别页面的链接

两侧同时换到之前的修订记录前一修订版
后一修订版		前一修订版
adf:nebandtssofband [2020/04/13 12:02] – [模型] liu.junadf:nebandtssofband [2022/01/20 20:23] (当前版本) – [前言] liu.jun
行 2: 行 2:
  
 =====前言===== =====前言=====
-本文中，我们首先介绍如何使用NEB方法搜索过渡态，以及在NEB的结果的基础上，进一步提高精度优化出高精度、可验证的过渡态。本文以$MoS_2$的一维条带(其中一个Mo原子被Co替代掺杂)为例进行演示。 +本文中，我们首先介绍如何使用NEB方法搜索过渡态，以及在NEB的结果的基础上，进一步提高精度优化出高精度、可验证的过渡态。本文以MoS<sub>2</sub>的一维条带(其中一个Mo原子被Co替代掺杂)为例进行演示。
- +
-一般来说，这种反应，周期性结构为闭壳层结构（电子数为偶数），但下文中的单胞电子个数为奇数，所以实际上应该至少用二倍大的超胞，与一个$H_2$分子反应。但这里为了节省计算量，仅仅为了演示过渡态搜索的过程，因此忽略这一点带来的影响。+
  
 对于二维体系，BAND的效率高于同等精度的平面波程序，而一维体系比二维体系效率更高，几乎接近非周期性体系的计算效率。本文以一维材料为例演示计算过程，二维、三维材料过程完全类似。 对于二维体系，BAND的效率高于同等精度的平面波程序，而一维体系比二维体系效率更高，几乎接近非周期性体系的计算效率。本文以一维材料为例演示计算过程，二维、三维材料过程完全类似。
行 23: 行 21:
  
 注意： 注意：
-  * Initial System对应上面的反应物结构，Final System对应产物结构，选择了这两项后，Input窗口左边底部就多了两个切换按钮，可以分别把两个结构粘贴到Initial、Final两个窗口里面（如下图所示）。 +  * Initial System对应上面的反应物结构，Final System(选择New Molecule就出现Mol2窗口)对应产物结构，选择了这两项后，Input窗口左边底部就多了两个切换按钮，可以分别把两个结构粘贴到Initial、Final两个窗口里面（如下图所示）。 
-  * Number of Image，表示从反应物到产物之间，计算20个过渡结构，找到过渡态的大致区间。这个值实际上可以设置的更小一些，例如10，这样计算量小一半+  * Number of Image，表示从反应物到产物之间，计算20个中间过渡结构，找到过渡态的大致区间。这个值实际上可以设置的更小一些，例如10，这样计算量小一半。
   * Optimize reactants/products，本例中这里实际上可以不勾选，因为反应物和产物已经优化过了。   * Optimize reactants/products，本例中这里实际上可以不勾选，因为反应物和产物已经优化过了。
  
行 34: 行 32:
 {{ :adf:nebtss03.png?650 }} {{ :adf:nebtss03.png?650 }}
  
-降低收敛标准（NEB过程，尤其是第一次的NEB过程，并不需要严格收敛。这样可以降低计算量，而不影响精度）：+降低收敛标准（NEB过程，尤其是第一次的NEB过程，并不需要严格收敛。这样可以降低计算量，而不影响最终精度）：
 {{ :adf:nebtss04.png?650 }} {{ :adf:nebtss04.png?650 }}
  
行 41: 行 39:
 <code> <code>
 GeometryOptimization GeometryOptimization
 +    Method Quasi-Newton
     Quasi-Newton     Quasi-Newton
       Step       Step
行 48: 行 47:
     End     End
     Convergence     Convergence
-        Gradients 3.0e-3 +        Gradients 0.003
-        Step 2.0e-3+
     End     End
 End End
 </code> </code>
-也就是增加了Quasi-Newton字段，TrustRadius  0.02表示优化过程中，原子每一次最大位移不超过0.02。用户可以酌情调大，但默认值就过大了。+也就是**增加了Quasi-Newton字段**，TrustRadius  0.02表示优化过程中，原子每一次最大位移不超过0.02。用户可以酌情调大，但默认值就过大了。 
 +===备注：=== 
 +<color gray>每个字段都由字段名开头，以其后最近END呼应结束，因此Quasi-Newto与其后面最近的一个END，形成一个字段；Convergence及其之后最近的END之间，形成一个字段，而这两个字段，加上Method Quasi-Newton这一关键词，是GeometryOptimization这个大字段内部的子字段，GeometryOptimization字段以上述脚本中最后一个END与其呼应结束。</color>
  
 保存*.run文件，并运行任务。 保存*.run文件，并运行任务。
行 66: 行 66:
 =====第二次NEB计算===== =====第二次NEB计算=====
  
-将接近顶部，偏左侧一些距离的结构，File - Save Geometry，保存作为第二次NEB计算的“反应物”，顶部偏右侧一些的结构保存，作为第二次NEB的“产物”。换句话说，缩短NEB的范围，再次进行计算。+将能量变化曲线接近顶部，偏左侧一些的结构，File - Save Geometry，保存作为第二次NEB计算的“反应物”，顶部偏右侧一些的结构保存，作为第二次NEB的“产物”。换句话说，缩短NEB的范围，再次进行计算。
  
 第二次计算，与前面大同小异。仅仅需要注意： 第二次计算，与前面大同小异。仅仅需要注意：
行 98: 行 98:
 =====高精度过渡态优化===== =====高精度过渡态优化=====
 一般而言，基于第二次NEB的结果，就可以进行高精度计算，精确优化得到鞍点了，计算过程参考：[[adf:tssofband]]。 一般而言，基于第二次NEB的结果，就可以进行高精度计算，精确优化得到鞍点了，计算过程参考：[[adf:tssofband]]。
- 
-如何通过计算反应相关的部分原子的频率，近似地得到反应相关的自由能？参考：[[adf:freeenergyofband]] 
adf/nebandtssofband.1586750567.txt.gz · 最后更改: 2020/04/13 12:02 由 liu.jun

页面工具

© 2014-2022 费米科技（京ICP备14023855号）