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您的足迹: • 文献重现：使用ETS-NOCV化学价自然轨道研究化学反应
adf:ir

差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

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两侧同时换到之前的修订记录前一修订版
后一修订版		前一修订版
上一修订版两侧同时换到之后的修订记录
adf:ir [2017/05/27 10:19] – liu.junadf:ir [2020/11/14 19:54] – liu.jun
行 1: 行 1:
-====== 如何计算分子的频率、红外吸收谱、零点能 ======+====== 如何计算分子的频率、红外、零点能、转动能量、转动惯量、熵、焓、热熔与Gibbs自由能======
  
-1，[[adf:geoopt|优化分子结构]]+1，[[adf:geoopt2020|优化分子结构]]
  
-2，导入优化好的坐标到ADFinput中：+2，导入优化好的坐标到ADFinput中，并设置参数如下图
  
-打开优化任务的movie（在ADFjobs中选中该任务之后，点击SCM LOGO > movie；或在该优化任务的任何一个窗口点击SCM-movie），将最后一帧的收敛结构导出，可以用如下几种方式：+{{ :adf:frequencies01.png?650 }}
  
-在movie窗口，点击file > save geometry，则将该结构保存为xyz坐标格式，在计算频率的ADFinput窗口导入坐标，并设置参数如下图+关于热力学性质的计算参数如下：第一个参数为压强，第二、三个参数是关心的温度范围，例如这里希望关心298.15K、299.15K……398.15K总共101个温度的热力学性质，因此设置参数如下：
  
-{{ :adf:frequencies01.png?600 }} +{{ :adf:frequencies02.png?650 }}
- +
-或在movie窗口，点击file > Update Geometry In Input,则将该帧坐标更新到ADFinput窗口中，将该窗口参数更改为频率计算的参数（如上图），然后另存为频率计算的任务名字。+
  
 3，保存、运行 3，保存、运行
行 19: 行 17:
 在该任何相关的任何窗口，或在ADFjobs中选中该任务之后，点击ADF LOGO > Spectra，即显示振动频率： 在该任何相关的任何窗口，或在ADFjobs中选中该任务之后，点击ADF LOGO > Spectra，即显示振动频率：
  
-{{ :adf:frequencies02.png?500 }}+{{ :adf:frequencies03.png?650 }}
  
-如果有虚频，则虚频的峰为负数，并且峰朝上，此例中没有虚频，正常的振动峰朝下。点击峰的位置，或者下方列表中计算得到的三个峰的三行，则显示该峰对应的振动模式的振动动画。+如果有虚频，则虚频的峰为负数，此例中没有虚频。点击峰的位置，或者下方列表中计算得到的三个峰的三行，则显示该峰对应的振动模式的振动动画。
  
-点击ADF LOGO > Output > Other Properties > Zero-Point Energy可以看到零点能。+点击SCM > Output > Other Properties > Zero-Point Energy可以看到零点能。
  
 在ADF logo > Output >Other properties > Intensities Collected，可以看到文本形式的输出内容，包括强度和热力学信息： 在ADF logo > Output >Other properties > Intensities Collected，可以看到文本形式的输出内容，包括强度和热力学信息：
-<code bash> +<code>
- List of All Frequencies: +
- +
- +
- Intensities +
- =========== +
- +
-               Frequency       Dipole Strength        Absorption Intensity (degeneracy not counted) +
-                 cm-1           1e-40 esu2 cm2          km/mole +
-              ----------          ----------          ---------- +
-             1477.873127          246.870556           91.450170 +
-             3807.801217            6.023038            5.748677 +
-             3958.433112          111.790825          110.919407 +
- +
- +
- +
  Statistical Thermal Analysis  ***  ideal gas assumed  ***  Statistical Thermal Analysis  ***  ideal gas assumed  ***
  
      
  Pressure:                  1.000000 atm.  Pressure:                  1.000000 atm.
- Temperature:             298.150000 K 
  
 + Lowest Temperature:      298.150000 K
 + Highest Temperature:     398.150000 K
 + Nr. of T-steps:          101
  
  
- Moments of Inertia (and direction vectors) + 
- ==========================================+ Moments of Inertia [amu*bohr^2] and principal axis 
 + ==================================================
  
            1.9638          4.4225          6.3862            1.9638          4.4225          6.3862
  ------------------------------------------------  ------------------------------------------------
-           1.0000          0.0000          0.0000 
            0.0000          0.0000          1.0000            0.0000          0.0000          1.0000
 +           1.0000          0.0000          0.0000
            0.0000          1.0000          0.0000            0.0000          1.0000          0.0000
  
行 65: 行 50:
  reported below were computed using sigma = 2, determined from  reported below were computed using sigma = 2, determined from
  the point group symmetry of the input geometry (C(2V)).   the point group symmetry of the input geometry (C(2V)). 
- If this is not the correct symmetry, please contact SCM to report a bug.+ If this is not the correct symmetry, try symmetrizing the molecule before 
 + running the calculation (note: linear molecules should be aligned along one 
 + of the Cartesian axes).
  Contributions from frequencies below 20 1/cm are not included in  Contributions from frequencies below 20 1/cm are not included in
  the vibrational sums. Their contributions, if any, are reported separately.  the vibrational sums. Their contributions, if any, are reported separately.
行 73: 行 60:
      ----                                                       ------     -----    ------     -----      ----                                                       ------     -----    ------     -----
  
-     298.15   Entropy (cal/mole-K):                             34.608    10.415     0.013    45.037 +     298.15   Entropy (cal/mole-K):                             34.608    10.415     0.015    45.039 
-              Internal Energy (Kcal/mole):                       0.889     0.889    13.218    14.996 +              Internal Energy (Kcal/mole):                       0.889     0.889    13.316    15.094 
-              Constant Volume Heat Capacity (cal/mole-K):        2.981     2.981     0.081     6.043+              Constant Volume Heat Capacity (cal/mole-K):        2.981     2.981     0.092     6.054
  
               Summary of energy terms               Summary of energy terms
                                                    hartree              eV         kcal/mol           kJ/mol                                                    hartree              eV         kcal/mol           kJ/mol
                                       --------------------     -----------       ----------      -----------                                       --------------------     -----------       ----------      -----------
-              Bond Energy:              -0.513171971770898        -13.9641          -322.02         -1347.33 +              Bond Energy:              -0.514027806778452        -13.9874          -322.56         -1349.58 
-              Internal Energy:           0.023897571375166          0.6503            15.00            62.74+              Internal Energy:           0.024053624667862          0.6545            15.09            63.15
               pV/n = RT:                 0.000944186013486          0.0257             0.59             2.48               pV/n = RT:                 0.000944186013486          0.0257             0.59             2.48
-              Enthalpy H:               -0.488330214382246        -13.2881          -306.43         -1282.11 +              Enthalpy H:               -0.489029996097105        -13.3072          -306.87         -1283.95 
-              -T*S:                     -0.021398412274880         -0.5823           -13.43           -56.18 +              -T*S:                     -0.021399475096437         -0.5823           -13.43           -56.18 
-              Gibbs free energy:        -0.509728626657127        -13.8704          -319.86         -1338.29+              Gibbs free energy:        -0.510429471193542        -13.8895          -320.30         -1340.13 
 + 
 + 
 +     Temp                                                       Transl     Rotat    Vibrat     Total 
 +     ----                                                       ------     -----    ------     ----- 
 + 
 +     299.14   Entropy (cal/mole-K):                             34.625    10.425     0.015    45.066 
 +              Internal Energy (Kcal/mole):                       0.892     0.892    13.317    15.100 
 +              Constant Volume Heat Capacity (cal/mole-K):        2.981     2.981     0.094     6.055 
 + 
 +              Summary of energy terms 
 +                                                   hartree              eV         kcal/mol           kJ/mol 
 +                                      --------------------     -----------       ----------      ----------- 
 +              Bond Energy:              -0.514027806778452        -13.9874          -322.56         -1349.58 
 +              Internal Energy:           0.024063177770665          0.6548            15.10            63.18 
 +              pV/n = RT:                 0.000947321474284          0.0258             0.59             2.49 
 +              Enthalpy H:               -0.489017307533503        -13.3068          -306.86         -1283.91 
 +              -T*S:                     -0.021483248259844         -0.5846           -13.48           -56.40 
 +              Gibbs free energy:        -0.510500555793348        -13.8914          -320.34         -1340.32
    
-</code> 
  
-ADF软件提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参见**费米科技维基百科：[[adf:trial|]]**+………… 
 + 
 +………… 
 + 
 + 
 + 
 +     Temp                                                       Transl     Rotat    Vibrat     Total 
 +     ----                                                       ------     -----    ------     ----- 
 + 
 +     398.15   Entropy (cal/mole-K):                             36.045    11.278     0.068    47.391 
 +              Internal Energy (Kcal/mole):                       1.187     1.187    13.335    15.709 
 +              Constant Volume Heat Capacity (cal/mole-K):        2.981     2.981     0.299     6.261 
 + 
 +              Summary of energy terms 
 +                                                   hartree              eV         kcal/mol           kJ/mol 
 +                                      --------------------     -----------       ----------      ----------- 
 +              Bond Energy:              -0.514027806778452        -13.9874          -322.56         -1349.58 
 +              Internal Energy:           0.025033642777425          0.6812            15.71            65.73 
 +              pV/n = RT:                 0.001260867554148          0.0343             0.79             3.31 
 +              Enthalpy H:               -0.487733296446879        -13.2719          -306.06         -1280.54 
 +              -T*S:                     -0.030069226500753         -0.8182           -18.87           -78.95 
 +              Gibbs free energy:        -0.517802522947632        -14.0901          -324.93         -1359.49 
 +</code> 
 +其中， 
 +  * 如同输出文件内容所说，这种计算Gibbs自由能的方式，引入了理想气体近似， 
 +  * Moments of Inertia，转动惯量I。转动能级E<sub>rotate</sub>=h<sup>2</sup>*J(J+1)/8π<sup>2</sup>I，其中J为转动量子数也就是能级序号，I为转动惯量（非负整数），h为普朗克常数（h=6.62606896×10<sup>-34</sup>J·s），π＝3.141593。 
 +  * Transl，Rotat，Vibrat，Total三项列出了各个温度时，熵、内能、热容的平移、转动、振动分量与总和。 
 +  * Summary of energy terms，列出了内能、焓、Gibbs自由能等信息。

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