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adf:hybrid2020 [2020/11/28 16:41] – [Hybrid调用多种计算引擎分区计算] liu.jun | adf:hybrid2020 [2021/06/16 15:28] (当前版本) – [结果查看] liu.jun | ||
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- | ======Hybrid调用多种计算引擎分区计算====== | + | ======多尺度模拟:结构优化====== |
- | 本文使用AMS2020.101完成。支持三维、二维、一维、周期性边界条件,以及非周期性体系。可以灵活组合计算引擎,而成为QMMM、QMQM等各种模型。本例以QM为例进行说明,如果要更换为其他,例如ADF/ | + | 本文使用AMS2020.101完成。支持三维、二维、一维、周期性边界条件,以及非周期性体系。可以灵活组合计算引擎,而成为QMMM、QMQM等各种模型。 |
+ | 本例以QMMM为例进行说明,如果要更换为其他,例如ADF/ | ||
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+ | 另外,该功能不限于结构优化,也可以用于分子动力学模拟。 | ||
=====QMMM参数设置===== | =====QMMM参数设置===== | ||
用户首先要为体系分区,便于后面设定为不同分区使用不同计算引擎。我们以一个长链分子为例,其中一段-CH2-CH2-,我们希望用ADF,其余部分使用UFF力场,(其他方法组合也是类似设置)分区设置如下: | 用户首先要为体系分区,便于后面设定为不同分区使用不同计算引擎。我们以一个长链分子为例,其中一段-CH2-CH2-,我们希望用ADF,其余部分使用UFF力场,(其他方法组合也是类似设置)分区设置如下: | ||
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{{ : | {{ : | ||
+ | * Periodicity,本例中为None,即没有周期性,用户要注意周期性与计算引擎匹配,如果有周期性,则不能使用ADF模块 | ||
* Method:勾选Energy Terms,表示各个分区之间,能量线性加和,得到总能量(具体体现,可以在后面的Factor设置中看到) | * Method:勾选Energy Terms,表示各个分区之间,能量线性加和,得到总能量(具体体现,可以在后面的Factor设置中看到) | ||
* 点击+,将生成如下图所示三个关于分区的设置。之所以有三个设置,其逻辑关系是:“方法一整体All的能量” - “方法一C2H4的能量” + “方法二C2H4的能量”,因此需要有三个关于分区的设置,并将其中一个Factor设置为-1 | * 点击+,将生成如下图所示三个关于分区的设置。之所以有三个设置,其逻辑关系是:“方法一整体All的能量” - “方法一C2H4的能量” + “方法二C2H4的能量”,因此需要有三个关于分区的设置,并将其中一个Factor设置为-1 | ||
行 27: | 行 31: | ||
- | 设置完毕,保保存并运行任务。 | + | 设置完毕,保存并运行任务。 |
=====结果查看===== | =====结果查看===== | ||
行 36: | 行 40: | ||
可以看到QM区域与MM区域仍然是连接在一起的(Capping的作用机制)。 | 可以看到QM区域与MM区域仍然是连接在一起的(Capping的作用机制)。 | ||
- | AMS提供**免费试用**(一般为一个月),试用申请方式参考:[[adf: |