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adf:homolumo [2019/12/04 22:38] – [4,查看HOMO、LUMO] liu.jun | adf:homolumo [2020/11/12 14:12] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
- | ====== 如何计算HOMO、LUMO、离子势IP、亲和能EA====== | ||
- | =====1,建模===== | ||
- | 导入优化好的分子(此处假定分子已经是优化好的结构,如果结构没有优化好,那么可以参考[[adf: | ||
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- | 打开ADFjobs窗口,SCM - New Input打开新的Input窗口(Linux系统如果有桌面,那么在命令行输入ADFinput即打开Input窗口),File - Import Coordinates 可以读取xyz、mol等格式的坐标。 | ||
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- | =====2,参数设置===== | ||
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- | 补充说明: | ||
- | * 详细参数说明,例如泛函、基组、相对论、自旋极化、电荷的选择,参考:[[adf: | ||
- | * 杂化泛函例如B3LYP计算HOMO、LUMO的值一般比GGA精确,但是注意B3LYP不适用于强关联体系、多金属中心体系; | ||
- | =====3,运行计算===== | ||
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- | 提交作业,可以如上图所示,在Input窗口,File - Run提交,也可以在ADFjobs窗口,点击该行(该行变成灰色)选中该任务,然后菜单栏Job - Run提交。ADFjobs窗口,右边的齿轮表示正在运行 | ||
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- | {{ adf: | ||
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- | 如果要杀死任务,可以选中该任务,然后Job - Kill。运行完毕后,右侧的标志从齿轮变成了实心球: | ||
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- | =====4,查看HOMO、LUMO===== | ||
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- | 可以在Input窗口,SCM - levels,或者在ADFjobs窗口,选中该任务,SCM - levels,从而打开该任务的结果的能级图: | ||
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- | {{ adf: | ||
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- | 第二列的能级是分子的能级,第一列,以及后面所有列,都是原子的能级,这个图反应分子轨道与原子轨道的关系。其中红色或者蓝色的线,表示分子轨道与原子轨道的对应关系,线越粗,表示该原子轨道对分子轨道的贡献越大。 | ||
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- | 鼠标停留在分子轨道的时候,可以定量的显示贡献的百分比。蓝线表示形成杂化形成分子轨道、共价键。 | ||
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- | 注意,这个能量单位是Hatree,1Hartree=27.2113845eV | ||
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- | 查看轨道空间分布:右键点击感兴趣的能级,选取轨道的序号, | ||
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- | 弹出View窗口,显示轨道的空间分布: | ||
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- | 下拉窗口的下边界,显示出轨道显示的详细设置,选择Show details: | ||
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- | 将默认的100改为40,这是关于透明度的设置,100表示不透明,数值越小越透明: | ||
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- | 如果要看所有能量的情况,可以打开out文件查看文本内容:ADFjobs窗口选中该任务,或者level、Input、View、窗口均可(各个窗口实际上是自动根据任务而关联起来的),SCM - Output - Properties - Orbital Energies all Irreps,显示所有分子的所有能级: | ||
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- | HOMO : 1 PI.g | ||
- | LUMO : 2 PI.u 0.16788680856711E-01 | ||
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- | 上述数据显示 | ||
- | * HOMO为-0.3834 Hartree,LUMO为0.16788680856711E-01 Hartree也就是0.0168 Hartree。对应的eV:-10.4330 eV、0.4568 eV | ||
- | * 上述数据第一列编号例如SIGMA.g,被称作不可约表示,是代表分子轨道的对称性的,具体含义参考:[[adf: | ||
- | * 第二列是轨道的序号,不同的不可约表示,各自使用自己的编号 | ||
- | * 第三列数据是该能级的电子占据数,PI.g有一个轨道占据数为4,是因为该能级是二重简并的,因此可以占据四个电子 | ||
- | * 第四列数据是能级能量值,单位为Hartree | ||
- | * 第五列数据为能级能量值,单位为eV | ||
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- | HOMO的能量对应的是IP(离子势),LUMO的能量对应的是EA(电子亲和能) | ||
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- | AMS软件提供**免费试用**(一般为一个月),试用申请方式参见**:[[adf: |