adf:geoopt
差别
这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版后一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
| adf:geoopt [2019/12/04 22:18] – liu.jun | adf:geoopt [2019/12/04 22:34] – [查看键长键角、二面角的变化] liu.jun | ||
|---|---|---|---|
| 行 18: | 行 18: | ||
| =====结果查看===== | =====结果查看===== | ||
| + | ==== 检查优化是否成功？==== | ||
| 计算结束后，查看结果：SCM - Logfile，尾部： | 计算结束后，查看结果：SCM - Logfile，尾部： | ||
| < | < | ||
| 行 59: | 行 59: | ||
| </ | </ | ||
| - | 注意：优化过程会不断地计算不同的分子结构，直到找到最低能量的结构为止。收敛标准得到5个T表示五个收敛标准都达到。其中第二个标准最重要，一般也是最后一个达到的，第二个标准是势能面的梯度最大值。这个标准非常严格，对于大量过渡金属参与的化学反应，过渡态搜索，有可能达不到这样严格的标准，一般到0.003左右也可以认为收敛了，可以将对应的分子结构拿来使用。 | + | 注意： |
| + | * 优化过程会不断地计算不同的分子结构，直到找到最低能量的结构为止。 | ||
| + | * energy change表示优化过程中，能量的变化量 | ||
| + | * constrained gradient max表示最大能量梯度 | ||
| + | * constrained gradient rms表示能量梯度均值 | ||
| + | * cart. step max表示原子的最大位移量 | ||
| + | * cart. step rms表示原子平均位移量 | ||
| + | * 上述五个标准都达标了后面就会有5个T，F表示未达标，字母前面的数值是判断标准 | ||
| + | * 一般而言，第二个标准最重要，也往往是最后一个达标的。默认标准为0.001，已经是一个比较严格的标准了 | ||
| - | 优化过程结构变化的查看： | + | ====查看优化过程结构、能量变化==== |
| - | + | SCM - Movie： | |
| - | {{adf:o2-ea04.jpg|}} | + | |
| - | + | ||
| - | 查看能量的变化： | + | |
| {{adf: | {{adf: | ||
| - | 查看键长的变化： | + | ====查看键长键角、二面角的变化==== |
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| - | 安住shift键，即可选择多个原子，如图所示，安住shift键，分别选中两个O原子，原子变为高亮，表示被选中。 | + | |
| - | + | ||
| - | {{adf: | + | |
| - | 然后 | + | Graph - delete graph，删掉之前的能量变化曲线。按住shift键，即可选择多个原子，如图所示，安住shift键，分别选中两个O原子，原子变为高亮，表示被选中。然后Graph - Distance, Angle, Dihedral，即可查看键长的变化曲线，如果选中三个、四个原子，则显示对应的键角、二面角的变化曲线： |
| {{adf: | {{adf: | ||
| 行 91: | 行 92: | ||
| 一般结构优化完成之后，会进行频率计算，检查是不是存在虚频。如果存在虚频，则表示优化不精确，需要继续优化。但这个问题在ADF一般很少出现。因此，对于非弱键的体系，都可以省去这一步。如果不放心，可以进行频率计算。 | 一般结构优化完成之后，会进行频率计算，检查是不是存在虚频。如果存在虚频，则表示优化不精确，需要继续优化。但这个问题在ADF一般很少出现。因此，对于非弱键的体系，都可以省去这一步。如果不放心，可以进行频率计算。 | ||
| - | ADF软件提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参见**费米科技维基百科：[[adf: | + | ADF软件提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参见**：[[adf: |