adf:cvhd
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| adf:cvhd [2021/12/21 19:46] – [结果查看] liu.jun | adf:cvhd [2023/04/23 17:22] (当前版本) – [CVHD加速方法适用于AMS中ReaxFF、ADF、BAND、DFTB、MOPAC的分子动力学模拟] liu.jun | ||
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| 行 49: | 行 49: | ||
| * AMS中各个计算引擎有自己的最小键级统计阈值，例如ReaxFF中键级小于0.3的键，将被统计为无键连，对此种情况，CVHD的阈值小于0.3就不合适 | * AMS中各个计算引擎有自己的最小键级统计阈值，例如ReaxFF中键级小于0.3的键，将被统计为无键连，对此种情况，CVHD的阈值小于0.3就不合适 | ||
| + | =====HyperDynamics与MetaDynamic的差别与联系===== | ||
| + | ====优势==== | ||
| + | HyperDynamics的优点：它是针对复杂系统的，目标是探索反应性，bias总是沿着一个特殊的CV设置，而CV是系统中总键数，因此系统倾向于断键。因为bias很具体，所以比MetaDynamic需要的用户输入参数要少。另一个优点是可以从中恢复出动力学信息，MetaDynamic则不能。 | ||
| + | MetaDynamic的优点：如果要模拟单个反应，MetaDynamic通常效果最好。它能返回自由能表面，但没有动力学信息（至少不能直接得到动力学信息）。通过沿一组CV添加bias来加速模拟。在MetaDynamic中，CV必须由用户根据其对反应的了解来构造，因此MetaDynamic需要用户在这方面拥有专家级知识。 | ||
| + | ====适用范围==== | ||
| + | * HyperDynamics：多个反应步骤，步骤未知 | ||
| + | * MetaDynamic：单个反应步骤，用户是否大致了解其机制 | ||
| + | |||
| + | AMS的PLUMED中也有MetaDynamic的接口，PLUMED有一个相当不错的CV库。CV是原子坐标的函数，PLUMED开发了一种语言来构造更复杂的CV。 | ||
| + | |||
| + | 下面是一个实例，在AMS分子动力学作业的MolecularDynamics字段中，添加了简单的PLUMED MolecularDynamics设置，用于展示脚本格式： | ||
| + | < | ||
| + | MolecularDynamics | ||
| + | InitialVelocities | ||
| + | Temperature 300 | ||
| + | end | ||
| + | NSteps 1000 | ||
| + | Plumed | ||
| + | Input | ||
| + | COORDINATION GROUPA=1 GROUPB=2-6 R_0=0.18 NN=6 LABEL=cv1 | ||
| + | COORDINATION GROUPA=2 GROUPB=7-12 R_0=0.12 NN=6 LABEL=cv2 | ||
| + | METAD ARG=cv1,cv2 SIGMA=0.02, | ||
| + | PRINT ARG=cv1, | ||
| + | end | ||
| + | end | ||
| + | Thermostat | ||
| + | Tau 10 | ||
| + | Temperature 300 | ||
| + | Type NHC | ||
| + | end | ||
| + | TimeStep 0.5 | ||
| + | end | ||
| + | </ | ||
| + | 使用的CV是： | ||
| + | * 原子1和原子2~6之间的配位数 | ||
| + | * 原子2和原子7~12之间的配位数 | ||
| + | 模拟将生成一个名为HILLS的文件，从中可以读取2D自由能曲面（需要AMS的脚本工具）。 | ||
| + | |||
| + | 本文主要介绍HyperDynamics的应用。 | ||
| =====CVHD加速方法适用于AMS中ReaxFF、ADF、BAND、DFTB、MOPAC的分子动力学模拟===== | =====CVHD加速方法适用于AMS中ReaxFF、ADF、BAND、DFTB、MOPAC的分子动力学模拟===== | ||
| 本文介绍基于ReaxFF的分子动力学中，如何调用CVHD达到加速热解反应的效果，在AMS中，也支持其他模块如BAND、DFTB、MOPAC的分子动力学调用该方法进行加速，除去各个计算引擎本身的方法参数设置之外，分子动力学参数、CVHD参数的设置与本文完全一致（图像界面是一致的）。 | 本文介绍基于ReaxFF的分子动力学中，如何调用CVHD达到加速热解反应的效果，在AMS中，也支持其他模块如BAND、DFTB、MOPAC的分子动力学调用该方法进行加速，除去各个计算引擎本身的方法参数设置之外，分子动力学参数、CVHD参数的设置与本文完全一致（图像界面是一致的）。 | ||
| 行 66: | 行 105: | ||
| 这种加速方法，适用于中等规模的体系：CV相关的键的数量最好在1000个左右，或者更少一些，当然略多一些问题也不大，数量太大CVHD的加速效果就不明显了，因为会太频繁地触发事件，从而限制bias累积速度，进而限制裂解加速效果。 | 这种加速方法，适用于中等规模的体系：CV相关的键的数量最好在1000个左右，或者更少一些，当然略多一些问题也不大，数量太大CVHD的加速效果就不明显了，因为会太频繁地触发事件，从而限制bias累积速度，进而限制裂解加速效果。 | ||
| + | |||
| + | ChemTrazYer2.0支持基于CVHD模拟的结果的基元反应分析。 | ||
| =====分子动力学参数设置===== | =====分子动力学参数设置===== | ||
| ====模型==== | ====模型==== | ||
adf/cvhd.1640087175.txt.gz · 最后更改: 2021/12/21 19:46 由 liu.jun