adf:chargeinaminoacid

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--- adf:chargeinaminoacid [2017/04/26 16:00] – liu.jun
+++ adf:chargeinaminoacid [2019/12/18 14:22] – [如何计算QTAIM电荷、NBO电荷] liu.jun
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-====== 如何计算AIM电荷、NPA电荷 ======
+====== 如何计算QTAIM电荷、NPA电荷 ======
 说明：氨基酸在水中通常会形成氢键。因此不能使用通常的溶剂化模型如COSMO、SCRF等等来描述，而应该将溶剂分子直接地与溶质分子同等地考虑在内。但溶剂分子的热运动导致溶剂分子相对于溶质的位置比较难以确定。
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 一个比较节省的，可靠性也较高的方式，是将溶剂分子按可能形成氢键的位置预先摆放在溶质分子附近，通过几何结构优化，找到溶剂分子相对于溶质分子的位置。然后基于这样的几何结构计算原子的电荷分配。
-我们以甘氨酸举例。
+我们以甘氨酸举例。使用软件为AMS2019.301。
-，初始猜测氨基酸在水中的分子结构，并优化（注意：泛函此处选择Camy-B3LYP，是由于B3LYP对氢键描述的不好。如有比camy-B3LYP更合适的泛函应参阅相关文献）：
+=====第一步，优化分子结构=====
-{{adf:glycine01.jpg|}}
+{{ adf:glycine01.jpg?650 }}
-{{adf:glycine02.jpg|}}
+=====第二步，基于优化之后的结构，计算电荷分布（AIM或NBO）=====
+导入优化之后的分子结构，并设置参数如下：
-，基于优化之后的结构，计算电荷分布（AIM或NBO。强烈不推荐Mulliken电荷，定性的可靠度太差），如何导入优化好的结构参考“[[adf:geoopt|结构优化]]”
+{{ adf:glycine02.jpg?650 }}
-{{adf:glycine03.jpg|}}
+如果要进行NBO分析，则增加如下图所示设置：
-{{adf:glycine04.jpg|}}
+{{ adf:glycine03.jpg?650 }}
-{{adf:glycine05.jpg|}}
+{{ adf:glycine07.jpg?650 }}
+如果要进行QTAIM分析，则增加如下所示设置：
+{{ adf:glycine04.jpg?650 }}
+其中设置Normal、Extended、Full计算的内容依次增多、更全面。一般的键径、临界点，Normal即已经包含了。
 保存，并运行。
-，查看AIM电荷或NBO电荷
+=====第三步查看结果=====
+在任意窗口，点击SCM - View - Properties - Atom info - QTAIM charge - Show
+{{ adf:glycine05.jpg?650 }}
+即可显示原子的QTAIM电荷。
-在任意窗口，点击SCM LOGO > View
+Properties - QTAIM (Topology)即可显示临界点、键径等，此时原子不再显示，View - Molecule - Ball and Stick恢复显示：
-{{adf:glycine06.jpg|}}
+{{ adf:glycine06.jpg?650 }}
-即可显示原子的Bader电荷。在Out文件中可以找到NBO计算得到的电荷。
+在Out文件中搜索“N A T U R A L   B O N D   O R B I T A L   A N A L Y S I S”可以找到NBO分析的结果，包括NBO键级、NBO轨道与电子占据数、NPA电荷等信息。
-ADF软件提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参见**费米科技维基百科：[[adf:trial|]]**
+AMS软件提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参考：[[adf:trial|]]**

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