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adf:cddofgs

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后一修订版		前一修订版
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adf:cddofgs [2017/04/26 16:06] – liu.junadf:cddofgs [2019/12/05 15:28] – liu.jun
行 1: 行 1:
-====== 如何计算片段差分密度（分子与片段的电子密度之差） ======+====== 如何计算片段差分密度（即：分子与片段的电子密度之差、碎片形成整体导致的电荷转移方向） ======
  
-**本例以BH<sub>3</sub>-NH<sub>3</sub>为例：**+**本例以BH<sub>3</sub>-NH<sub>3</sub>为例，使用软件版本AMS2019.301：**
  
 第一步，[[adf:geoopt|优化基态的分子结构（详情请点击）]]; 第一步，[[adf:geoopt|优化基态的分子结构（详情请点击）]];
行 9: 行 9:
 按住Shift键，鼠标画框，选中NH<sub>3</sub>，然后选择右侧窗口的Model > Region，点击加号，如下图 按住Shift键，鼠标画框，选中NH<sub>3</sub>，然后选择右侧窗口的Model > Region，点击加号，如下图
  
-{{ :adf:cdd_ground01.jpg |}}+{{ :adf:cdd_ground01.png?650 |}}
  
-则成功将NH<sub>3</sub>设定为Region_1；可以用同样的方式，将BH3设定为Region_2，如下图所示（切记避免个别原子既被归入一个区，又被归入另一个区）+则成功将NH<sub>3</sub>设定为Region_1(此处更名为NH3)；可以用同样的方式，将BH3设定为Region_2(此处更名为BH3)，如下图所示<color blue>（切记避免个别原子既被归入一个区，又被归入另一个区）</color>
  
-{{ :adf:cdd_ground02.jpg |}}+{{ :adf:cdd_ground02.png?650 |}}
  
 启动片段功能： 启动片段功能：
  
-{{ :adf:cdd_ground03.jpg |}}+{{ :adf:cdd_ground03.png?650 |}}
  
-主面板参数设置如下图所示（基组、泛函选择参考“[[adf:geoopt|优化基态的分子结构（详情请点击）]]”）+主面板参数设置如下图所示（基组、泛函选择参考[[adf:parameters]]）
  
-{{ :adf:cdd_ground04.jpg |}}+{{ :adf:cdd_ground04.png?650 |}}
  
 保存任务，并运行。 保存任务，并运行。
行 27: 行 27:
 第三步，结果查看： 第三步，结果查看：
  
-在ADFinput窗口点击SCM LOGO > View，弹出View窗口。点击Field > Calculated，下方选择+在ADFinput窗口点击SCM LOGO > View，弹出View窗口。点击Field > Calculated，窗口底部Select Field区域，分别如下图所示，选择Density - Density SCF（当前二聚体电子密度），以及Density - Density Sum Frag（孤立碎片电子密度简单叠加）
  
-{{ :adf:cdd_ground05.jpg |}}+{{ :adf:cdd_ground05.png?650 |}}
  
-{{ :adf:cdd_ground06.jpg |}}+此时注意，Density SCF - Density Sum Frag这个函数的名称为C-1（窗口左下角）。因此我们把C-1这个函数显示出来：Add - Isosurface:with phase，之后底部Select Field窗口选择other - "C-1"，同时修改等值面的值，使得图像更方便查看，因此改为0.01。如下图所示：
  
-注意上图左下角的**C-1**，这是“分子电荷密度-片段结合为分子之前的电子密度之和=基态差分电荷密度”的标号。后面会用到这个标号。+{{ :adf:cdd_ground06.png?650 |}}
  
-Add — Isosurface: Double(+/-)，之后选择**C-1**如下图所示：+为了更方便观察电子密度与原子核的位置，我们把C-1函数用半透明的方式显示：点击窗口底部的Isosurface: With Phase按钮 - Show details，然后将下图所示的位置，默认100改为40（值越小透明度越低，100为不透明，0为完全透明）。
  
-{{ :adf:cdd_ground07.jpg |}} +{{ :adf:cdd_ground07.png?650 |}}
  
-{{ :adf:cdd_ground08.jpg |}} +<color blue>图中红色与蓝色，表示电子的流向。其中蓝色区域表示得到了电子，红色区域表示失去了电子。</color>
  
-之后，即显示基态的差分电荷密度：分子电子密度与各片段电子密度之差。调整等值面的值，如图中所示，此例调整为0.01显示的比较清楚，分别更改为其他数值，例如0.03等等，这样能够了解在空间的分布情况。 
  
-{{ :adf:cdd_ground09.jpg |}} +AMS软件提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参见：[[adf:trial|]]**
- +
-ADF软件提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参见**费米科技维基百科：[[adf:trial|]]**+

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