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adf:cddofgs [2016/05/11 02:29] – 创建 liu.jun | adf:cddofgs [2019/12/05 15:28] – liu.jun | ||
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- | ====== 如何计算基态CDD(分子电子密度与各片段电子密度之差) ====== | + | ====== 如何计算片段差分密度(即:分子与片段的电子密度之差、碎片形成整体导致的电荷转移方向) ====== |
- | **本例以BH< | + | **本例以BH< |
- | 第一步,[[adf: | + | 第一步,[[adf: |
第二步,导入优化好的分子结构,划分片段,进行计算,如下图所示: | 第二步,导入优化好的分子结构,划分片段,进行计算,如下图所示: | ||
- | 按住Shift键,鼠标画框,选中NH< | + | 按住Shift键,鼠标画框,选中NH< |
- | {{ : | + | {{ : |
- | 则成功将NH< | + | 则成功将NH< |
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启动片段功能: | 启动片段功能: | ||
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- | 主面板参数设置如下图所示(基组、泛函选择参考“[[如何优化分子的几何结构|优化基态的分子结构(详情请点击)]]”) | + | 主面板参数设置如下图所示(基组、泛函选择参考[[adf: |
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保存任务,并运行。 | 保存任务,并运行。 | ||
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第三步,结果查看: | 第三步,结果查看: | ||
- | 在ADFinput窗口点击SCM-View,弹出View窗口。点击Field | + | 在ADFinput窗口点击SCM |
- | {{ : | + | {{ : |
- | {{ :adf: | + | 此时注意,Density SCF - Density Sum Frag这个函数的名称为C-1(窗口左下角)。因此我们把C-1这个函数显示出来:Add - Isosurface:with phase,之后底部Select Field窗口选择other - " |
- | 注意上图左下角的**C-1**,这是“分子电荷密度-片段结合为分子之前的电子密度之和=基态差分电荷密度”的标号。后面会用到这个标号。 | + | {{ : |
- | Add — Isosurface: | + | 为了更方便观察电子密度与原子核的位置,我们把C-1函数用半透明的方式显示:点击窗口底部的Isosurface: |
- | {{ : | + | {{ : |
- | {{ : | + | <color blue> |
- | 之后,即显示基态的差分电荷密度:分子电子密度与各片段电子密度之差。调整等值面的值,如图中所示,此例调整为0.01显示的比较清楚,分别更改为其他数值,例如0.03等等,这样能够了解在空间的分布情况。 | ||
- | {{ : | + | AMS软件提供**免费试用**(一般为一个月),试用申请方式参见:[[adf: |
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- | ADF软件提供**免费试用**(一般为一个月),试用申请方式参见**费米科技维基百科:[[adf: | + |