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您的足迹: • 创建液体-真空二元体系 • 文献重现：锌酞菁的基态与激发态计算（第一部分）
adf:3d-rism

差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

到此差别页面的链接

两侧同时换到之前的修订记录前一修订版
后一修订版		前一修订版
上一修订版两侧同时换到之后的修订记录
adf:3d-rism [2017/09/15 13:40] – liu.junadf:3d-rism [2019/12/07 13:28] – liu.jun
行 1: 行 1:
 ======如何使用高阶的溶剂化功能3D-RISM====== ======如何使用高阶的溶剂化功能3D-RISM======
 +
 +本文内容主要参考、翻译自英文手册：https://www.scm.com/doc/ADF/Input/3D-RISM.html
  
 **背景知识：** **背景知识：**
行 15: 行 17:
 如下以乙醇分子在水溶液中为例演示。 如下以乙醇分子在水溶液中为例演示。
  
-第一步：常规参数设置，参考费米科技WIKI中的其他案例。+第一步：常规参数设置，参考[[adf:homolumo]]
  
 第二步：3D-RISM相关的设置： 第二步：3D-RISM相关的设置：
行 21: 行 23:
 **1）需要将密度拟合从默认的Zlm方法改为STO拟合：** **1）需要将密度拟合从默认的Zlm方法改为STO拟合：**
  
-{{ :adf:3d-rism01.png |}}+{{ :adf:3d-rism01.png?400 }}
  
 **2）设置溶剂** **2）设置溶剂**
  
-{{ :adf:3d-rism02.png |}} +Input - Details - UserInput，输入如下格式的内容： 
- +<code> 
- +RISM title
-其中的参数如下： +
-  RISM title+
   RISM1D   RISM1D
-  FLUIDPARAM temper=298. DielConst=78.497 UTotDens=1/A3 0.03333+    FLUIDPARAM temper=298. DielConst=78.497 UTotDens=1/A3 0.03333
   SUBEND   SUBEND
-  SOLVENT water +  SOLVENT ArbitrarySolventName 
-  UNITS uWeight=g/mol ULJsize=A ULJenergy=kcal/mol Ucoord=A +    UNITS uWeight=g/mol  ULJsize=A  ULJenergy=kcal/mol Ucoord=A Udens=1/A3 
-  Udens=1/A3 +    PARAMETERS Weight NAtomTypes 
-  PARAMETERS Weight=18.015 nAtoms=2 +      N1    Z_alpha1   Sigma_alpha1   Eps_alpha1   X1_1 Y1_1 Z1_1 
-  1 -0.8476 3.166 0.1554 0.000000 0.00000 0.000000 +                                                   X1_2 Y1_2 Z1_2 
-  2 0.4238 1.000 0.0460 -0.816490 0.00000 0.577359 +                                                   ...  ...  ... 
-                         0.816490 0.00000 0.577359 +      N2    Z_alpha2   Sigma_alpha2   Eps_alpha2   X2_1 Y2_1 Z2_1 
-  DENSPE=0.03333+                                                   X2_2 Y2_2 Z2_2 
 +                                                   ...  ...  ... 
 +      ... 
 +      DENSPE=density
   SUBEND   SUBEND
-  SOLUTE water +  SOLUTE ArbitrarySoluteName 
-  BOXSIZE 10 10 10 +    BOXSIZE   sizeX  sizeY  sizeZ 
-  BOXGRID 100 100 100+    BOXGRID    npX    npY    npZ
   SUBEND   SUBEND
-  END +END 
- +</code> 
-图中，溶剂分子的详细参数： +以水溶液为例： 
- +<code> 
-nAtoms是原子（或官能团）的种类数目，水分子做为溶剂，此处有两种：O原子和H原子。+SOLVENT water 
 +  UNITS      uWeight=g/mol  ULJsize=A  ULJenergy=kcal/mol Ucoord=A Udens=1/A3 
 +  PARAMETERS Weight=18.015   nAtoms=2 
 +    1    -0.8476   3.166    0.1554       0.000000  0.00000  0.000000 
 +    2     0.4238   1.000    0.0460      -0.816490  0.00000  0.577359 
 +                                         0.816490  0.00000  0.577359 
 +  DENSPE=0.03333 
 +SUBEND 
 +</code> 
 +参数说明如下： 
 +  * temper设定温度 
 +  * DielConst为溶剂的介电常数 
 +  * UTotDens=1/A3后面的数字是设置溶剂的密度，单位为$Å^{-3}$ 
 +  * Weight等号后面填入为溶剂的分子量，替换上文中的单位符号其他类似 
 +  * NAtomTypes溶剂分子包括几种原子 
 +  * DENSPE仍然是溶剂的密度 
 +  * BOXSIZE装下溶质分子的一个盒子，尺寸单位为Å 
 +  * BOXSIZE将盒子划分为细微的格点，格点越细越精确
  
 +<code>
   1 -0.8476 3.166 0.1554 0.000000 0.00000 0.000000   1 -0.8476 3.166 0.1554 0.000000 0.00000 0.000000
   2 0.4238 1.000 0.0460 -0.816490 0.00000 0.577359   2 0.4238 1.000 0.0460 -0.816490 0.00000 0.577359
                          0.816490 0.00000 0.577359                          0.816490 0.00000 0.577359
 +</code>
 1是原子（或官能团）的序号； 1是原子（或官能团）的序号；
  
行 73: 行 94:
 上面的设置完成之后，保存任务（File-Save as），会产生一个*.run文件。 上面的设置完成之后，保存任务（File-Save as），会产生一个*.run文件。
  
-此处对溶质分子的设置，仍然不能在图形界面里面设置，需要在*.run文件里面修改（可以在ADFjobs窗口，）： +此处对溶质分子设置SigU、EpsU，仍然不能在图形界面里面设置，需要在*.run文件里面修改（可以在ADFjobs窗口，）：
- +
-{{ :adf:3d-rism03.png |}} +
- +
-格式如下（在*.run文件中ATOMS与END之间的原子坐标列表区域修改）： +
- +
-{{ :adf:3d-rism04.png |}}+
  
 +格式如下：
 +<code>
 +ATOMS
 +  C     0.00    0.00    0.00     SigU=3.50    EpsU=0.066
 +  ...
 +END
 +</code>
 设置完毕，运行计算即可。 设置完毕，运行计算即可。

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