无桌面的Linux工作站:直接运行*.run文件、设定任务核数
第一节:操作方式
*表示文件名,下同。
上传*.run文件到任务目录;
进入某个计算节点,例如:ssh node01。当然如果只有一个服务器,这一步也就不需要了。
cd 任务目录
dos2unix *.run (如果上传*.run文件使用的是SSH Secure Shell软件,那么在SSH Secure Shell的菜单栏edit>setting>File transfer>Mode里面Auto Select一项,双击txt,修改成run。那么这一步以后就永远可以跳过了)
chmod 700 *.run
export NSCM=N (N表示您希望的并行数,如果不设置则调用本机所有CPU核。如果是浮动许可,例如8核浮动,则必须设置这个变量,并且N不大于8)
nohup ./*.run >*.out & (其中nohup的意思是,你ctrl d退出之后,作业还会运行,并不死掉,如果没有nohup,你关闭窗口作业也死了。&符号是将作业放后台,命令行可以继续做其他的事情)
ctrl d退出,之后再关闭命令行窗口。注意,如果不按ctrl d退出,直接关闭命令行窗口,则任务也自动被关闭。
监测计算进度:tail -f /目标文件夹/*.results/ams.log
这些命令的学习,参考:Linux/Win shell常用命令
运行完毕之后:
将ams.results文件夹改名为*.results
之后下载到本地Windows电脑,或者其他有图形界面的电脑上进行分析。
强烈地不建议多个任务在同一个文件夹里面进行,而应该为每个任务创建一个文件夹。
如果任务是进行片段分析,参考:Linux系统中,片段分析如何使用run文件提交任务
第二节:如何正确、高效利用计算机资源(重要)