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adf:viscositycosmo-rs

使用QSPR预测熔点、液体粘度、蒸汽压,以及三相点温度、合成难易程度、溶度参数、等张比容、介电常数等

使用图形界面简单计算物性

  1. 在AMSinput中创建液体单分子结构,使用右下角齿轮(也可以右键点击齿轮,选择Mopac)初步优化
  2. ADF模块选择参数:TASK → COSMO-RS Compound,保存并提交作业,运行完毕将生成*.coskf文件
  3. SCM → COSMO-RS打开 COSMO-RS 模块,Compounds菜单 → Add Compound(s)导入该*.coskf文件
  4. Properties → Pure Compound Properties,点击窗口中的➕,添加该分子
  5. 点击Run按钮,右侧将生成性质列表,例如

性质列表中包括熔点、粘度等(这里粘度的单位是Pa s,液态蒸气压单位为bar。其他单位参考资料:https://www.scm.com/doc/COSMO-RS/Property_Prediction.html#available-properties)。

使用Python脚本预测不同温度下的粘度

脚本下载后需解压

脚本内容如下:

import pyCRS
import matplotlib.pyplot as plt

mol = pyCRS.Input.read_smiles("CCCCCCO")

prop_name = 'liquidviscosity'
pyCRS.PropPred.estimate(mol, temperatures=list(range(290,340,5)))
print("Results:", mol.properties_tdep[prop_name])

T=[293.15,298.15,303.15,308.15,313.15,318.15,323.15,328.15]
vis_exp=[5.35,4.55,3.90,3.36,2.91,2.54,2.33,1.97]
vis_exp=[x*1e-3 for x in vis_exp]
#data from https://doi.org/10.1021/je501133u

x,y = mol.get_tdep_values(prop_name)
unit = pyCRS.PropPred.units[prop_name]
plt.plot(x,y,'-',markerfacecolor='none',label='PropPredction')
plt.plot(T,vis_exp,'o',markerfacecolor='none',label='Exp')
plt.ylabel(f"vapor pressure ({unit})")
plt.xlabel("Temperature (K)")
plt.legend()
plt.show()

使用方法

用户可以修改:

  • 第3行的smiles:CCCCCCO为需要计算的分子的SMILES
  • 第5行range(290,340,5)为生成的曲线的横坐标范围
  • 第7行为温度列表,用户自行输入关心的温度
  • 注释掉plt.plot(T,vis_exp,'o',markerfacecolor='none',label='Exp')这一行(行首加#即可),因为可能没有实验数据

运行方式:AMSJobs进入该脚本所在文件夹(全路径中不能含中文空格)→ AMSjobs → Help → Command-Line → 输入sh回车 → 输入amspython cal_vis.py回车即可:

adf/viscositycosmo-rs.txt · 最后更改: 2024/09/17 11:30 由 liu.jun

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