粘度：通过自相关函数与Green-Kubo公式计算粘度
Green-Kubo公式：
其中：
- η为粘度
- V为体积
- Kb为玻尔兹曼常数
- T为温度
- Pαβ为压力张量的非对角项
- <Pαβ(0)Pαβ(t)>即压力张量自相关函数对所有时间原点、所有非对角分量的平均
因为粘度的计算不涉及反应，因此除了使用ReaxFF外，也可以使用Force Field模块中其他力场（例如GAFF力场）或机器学习势，甚至也可以使用第一性原理进行分子动力学模拟，从而类似地生成粘度信息。分子动力学的参数设置大同小异，只是Main面板的参数设置有所差别。
这里以苯为例，室温下苯的粘度实验值为0.5 mPa s。本文计算粘度是通过分子动力学，因此单组份、多组分混合物都是适用的，文末介绍了使用QSPR方法计算粘度，只适用于单组份液体。
模型
AMSinput - Edit - Builder，设置晶格常数为26.666*26.666*26.666 Å3，并加入128个Benzene分子（创建分子混合物参考教程：【入门基础教程】创建均匀混合物)，从而密度与实验密度尽量接近:
注意体系的大小，会严重影响粘度的计算数值，因此体系规模应该大一些，这样粘度数值可靠性强一些（统涨洛误差减弱）。
ReaxFF分子动力学参数设置
基本的设置（周期性一定要确保为Bulk）：
由于不关心化学反应，因此步长不需要太小，1fs就可以了，但是运动轨迹对粘度非常重要，因此每隔5fs就需要保存一次轨迹（甚至可以更小），关于动量、角动量守恒的限制也可以去掉（起始温度也可以不设置，因为后面Thermostat会设置温度）：
温度的设置：
这里不建议使用NPT系综(因此不需要设置Barostat)，因为Green-Kubo公式中有体积，如果使用NPT系综，则体积会发生变化，从而导致求解非常麻烦，另外液体在特定温度下，密度是确定的，所以使用NVT系综即可。
保存作业并运行。在logfile里面，确保Pressure一列有具体数值。如果使用ForceField模块，则未必有这个数值，有可能是“n/a”，那就需要增加设置：Model → MD → Trajectory Options后面的详细设置按钮 → 勾选Calculate pressure（为了减小计算量，可以去掉Write velocities、Write charges、Write bonds、Write molecules选项）。
结果分析与处理
压力张量自相关函数的计算范围，必须是动力学模拟达到平衡之后的时间。所以如果体系事先经过弛豫，则除去前面少量帧数，后面大量帧数都可以使用，如果没有弛豫，在势能达到稳定前的帧数，是不能用的。
从Movie中显示的势能的结果来看，300帧的时候，就接近平衡状态了，因此我们可以从300帧开始生成自相关函数（总共12001帧，模拟时间太短，帧数太少，会导致粘度数据不可靠）：
MD Properties - Autocorrelation Function…
- Steps设置为300-12001
- Property设置为Pressure Tensor
- Atoms:在Movie窗口Ctrl A选中所有原子，然后点击此处的➕。这里也可以留白不处理，也表示将所有原子纳入考虑
- Vector elements设置为4 5 6，表示Pyz、Pxz、Pxy (当然1、2、3表示Pxx、Pyy、Pzz)，不过粘度只跟非对角项有关，所以这里必须填入4 5 6
- Max ACF Step建议设置为3000帧（可以更大，但是一定要小于总帧数的一半），即大致为15 ps左右
点击Generate ACF按钮，即可生成相关的几个函数，这里我们需要关心的是其中的积分函数，这个函数就是Green-Kubo公式中的积分。如下图绿色框所示，积分值为1.25283 × 10-10 Hartree2fs/Borh6：
带入Green-Kubo公式，并统一到国际标准单位：
- V = 26.6243 Å3 = 18872 Å3 = 18872 × 10-30 m
- KbT = 1.38 × 10−23 × 298 J
- 1 hartree bohr-3 = 2.942 × 1013 Pa
- 1 fs= 10-15 s
因此粘度η = [18872 × 10-30 / (1.38 × 10−23 × 298) ] × 1.25283 × 10-10 × (2.942 × 1013)2 × 10-15 = 0.0005 Pa s= 0.5 mPa s
与实验符合的极好。
AMS2024版以后，该输出单位改为了Js/m3。
补充：QSPR预测粘度
AMS的COSMO-RS模块，也能预测液体粘度：使用QSPR预测熔点、液体粘度、蒸汽压，以及三相点温度、合成难易程度、溶度参数、等张比容、介电常数等