振动圆二色谱VCD的分析：原子位移、EDTM、MDTM、GCO
本例以如下分子为例：
C -1.44589917 -0.26968372 -0.00000000 C 0.02774960 -0.35459913 -0.00000000 O -0.64012001 0.88449058 -0.00000000 H -1.94641916 -0.41741698 0.97962259 H -1.94641916 -0.41741698 -0.97962259 H 0.50817848 -0.55867470 -0.97957478 H 0.50817848 -0.55867469 0.97957478
参数设置
用户可以直接复制上述坐标在AMSinput窗口CTRL V粘贴即可。为了确保手性，将其中对角的两个H原子改为氘：
其他基本参数设置：
结果分析
SCM - Spectra，即打开VCD谱窗口：
AMS提供的VCDtools提供了两类分析方法：1）可以显示与VCD强度相关的特性，即电偶极子和磁偶极子跃迁矩（EDTM，Electric Dipole Transition Moment和MDTM，Magnetic Dipole Transition Moment）以及简正模的原子运动；2）可以进行一般耦合振荡器（General Coupled Oscillator，GCO）分析。
每个峰的强度、对应的原子运动、EDTM、MDTM
可通过点击频谱的峰，或点击窗口下半部分的模式列表的某一行，来选择不同的简正模。选择模式后，将显示该模式对应的振动，窗口右下角将会列出该模式的一些细节，包括该模式涉及原子运动的百分比、|EDTM|和|MDTM|在每个原子上的分配。
峰的转动强度在谱中可以看到，在窗口底部列表中也可以看到，例如第12个峰的强度是-19.27。
右下角的列表中，我们可以点击某一行（也就是某个原子），即可在左上半窗口中看到对应的位置（该原子被高亮显示）
左上半窗口底部有N(箭头)、E(箭头)、M(箭头)、⇄、N、E、M几个按钮，以及GCO。
这几个按钮的作用：
- N(箭头)，显示该简正模的原子运动方向
- E(箭头)，显示EDTM的方向
- M(箭头)，显示MDTM的方向
- ⇄，没有特别的作用，只是将显示方向反向而已
- N，用原子的大小比例来显示简正模位移的大小，例如H原子运动位移量最大，那么H的尺寸就最大
- E，用原子的大小比例来显示EDTM的大小
- M，用原子的大小比例来显示MDTM的大小
- GCO是进行General Coupled Oscillator分析的按钮，需要先创建两个分区，然后再点击这个按钮，才会进行GCO分析，详见下文
GCO分析
GCO分析，可以分析VCD峰的贡献来源（基团与基团的GCO相互作用的贡献、基团单独的贡献、其他原子的贡献），以及EDTM、MDTM的大小以及xyz方向分量等。
我们以模式15为例，我们可以通过右下角的分析看到，该模式主要由两个CH基团贡献出来。下面，我们将这两个CH设置为两个分区，然后进行GCO分析。
设定分区1：按住Shift键，选中其中一个CH基团，然后菜单栏Regions → Set Selection As → New Region即将该基团设定为分区1，名为A分区。
设定分区2：按住Shift键，选中另一个CH基团，然后菜单栏Regions → Set Selection As → New Region即将该基团设定为分区2，名为B分区。
两个分区设定完毕：
如果要进行多个简正模的GCO分析，那么每建立这一对分区，就需要保存：Regions → Save Regions，设定适当的名字，便于区分、记忆。那么下一次要分析某个模式，就可以通过Regions → Load Regions读取。
GCO分析：两个分区都设定好之后，点击GCO按钮，就会弹出GCO分析的结果窗口，分析数据。
可以看到两个分区对EDTM、MDTM的贡献大小（x、y、z分量，以及模（Length））
EDTM
=========================
Frag. X Y Z Length
-------------------------------------------------------------
A: 2.6 -2.1 -2.6 4.2
B: 2.0 1.3 -1.9 3.0
REST: -0.3 0.0 -0.2 0.3
-------------------------------------------------------------
TOTAL: 4.3 -0.7 -4.6 6.4
MDTM
=========================
Frag. X Y Z Length
-------------------------------------------------------------
A: 6.2 3.0 1.4 7.0
B: 4.1 -4.8 -0.7 6.3
REST: 0.5 -0.1 0.0 0.5
-------------------------------------------------------------
TOTAL: 10.7 -1.9 0.7 10.9
两个分区之间的GCO相互作用对转动强度的贡献R_gco、每个分区独立对转动强度的贡献R_if、其他原子对转动强度的贡献R_rest。
R_gco --> Subtotal: 35.91
--------------------------------------
EDTM_A*MDTM_B(O_dft): 22.25
EDTM_B*MDTM_A(O_dft): 13.66
R_if --> Subtotal: 9.47
--------------------------------------
EDTM_A*MDTM_A(O_dft): 6.01
EDTM_B*MDTM_B(O_dft): 3.46
R_rest --> Subtotal: -0.66
--------------------------------------
EDTM_rest*MDTM_rest(O_dft): -0.14
EDTM_A*MDTM_rest(O_dft): 1.45
EDTM_B*MDTM_rest(O_dft): 0.85
EDTM_rest*MDTM_A(O_dft): -1.73
EDTM_rest*MDTM_B(O_dft): -1.09
======================================
R = R_gco + R_if + R_rest: 44.71
这里可以看到该模式，其他原子的贡献，以及分区独立贡献非常小。
GCO各分量的大小：
R_CO: 9.24007
-----------------------------------------------------------
sin[EDTM_A vs EDTM_B]*|EDTM_A|*|EDTM_B|: 10.42078
Y_AB*cos[Y_AB vs. (EDTM_A x EDTM_B)]: 0.96511
pi*Freq/c: 0.91875
-----------------------------------------------------------
R_COC: 26.66513
-----------------------------------------------------------
sin[EDTM_A vs EDTM_B]*|EDTM_A|*|EDTM_B|: 10.42078
-Y_COC*cos[Y_AB vs. (EDTM_A x EDTM_B)]: 2.78513
pi*NM_frequency/c: 0.91875
-----------------------------------------------------------