软件版本为AMS2019.3及之前的版本,AMS2020以后的版本请参考链接:振动圆二色谱VCD的计算
在光谱方法中,最有名和应用最广泛的手性分子光学性质为旋光(OR)和圆二色谱(circular dichroism,CD)。 组成平面偏振光的左旋和右旋圆偏光在通过手性介质时吸收系数不同(εR≠εL),吸收系数之差∆ε随波长变化即可获得圆二色谱(CD)。对映异构体的CD谱图呈现正负相反。传统的圆二色谱是指波长在200~400 nm之间的吸收谱,20世纪70年代,由于“八区律”、“激子手性法”等方法的发现和发展,圆二色谱得到了广泛应用。
然而传统的圆二色谱要求手性分子必须有紫外吸收,这一点成为限制其应用的重大问题。由此人们提出:如何在红外光区频率下测定圆二色谱? 20世纪70年代,Holzwart,Nafie和Stephens等先后成功测定了红外光区频率下的圆二色谱,即振动圆二色谱(vibrational circular dichroism, VCD)。此后,随着傅立叶变换红外光谱等新技术的发展,VCD的测量范围逐渐扩大为4000~750 cm−1 ,测量精度不断提高,信噪比不断提高。
本文以α-pinene为例,使用AMS2019.301完成计算,并与实验结果对比,参考文献:Theor Chem Account (2008) 119:245–263。<WRAP center round
建模的操作,参考:AMS软件建模教程。结构优化参考:如何优化分子的几何结构、更高效的大分子进行结构优化、如何进行限制性结构优化,以及ADF知识库中其他操作教程。
这里演示VCD的计算过程的参数设置。分子结构采用结构优化之后得到的分子结构:
1.C 54.764673 57.322956 25.984045 2.C 53.668108 56.865174 25.041308 3.C 53.796788 55.637083 24.515136 4.C 54.965054 54.770402 24.913458 5.C 55.894740 55.529671 25.871829 6.C 56.121535 56.960531 25.308516 7.C 52.533566 57.795324 24.753473 8.H 53.055716 55.237380 23.815217 9.H 52.901917 58.744326 24.325141 10.H 56.775329 54.926524 26.152567 11.H 51.813056 57.352166 24.050231 12.H 54.608971 58.347473 26.360727 13.H 51.998191 58.056335 25.683460 14.H 56.157307 57.067148 24.213648 15.H 56.983052 57.466743 25.763095 16.H 55.532770 54.455861 24.016357 17.H 54.603662 53.835214 25.384844 18.C 55.077188 56.192073 27.039623 19.C 53.920000 55.420396 27.660059 20.C 55.992432 56.694009 28.159673 21.H 53.192240 55.076502 26.912402 22.H 53.385261 56.056016 28.386572 23.H 54.300457 54.541775 28.208354 24.H 56.368266 55.842166 28.751692 25.H 55.432238 57.354043 28.843401 26.H 56.862510 57.254194 27.790213
参数设置如下:
点击File > Save as保存任务,并运行,提交任务的方式,参考:正式版的安装、维护与升级