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adf:updategeotry

这是本文档旧的修订版!


如何将结构优化、分子动力学某一帧结构导出,或更新到ADFinput用于后续计算

方式一

如果是纯粹的图形界面操作,结构优化完成之后,ADFinput窗口自动弹出如下窗口:

点击Yes,即更新该任务的ADFinput窗口。

之后,就可以在该窗口修改计算参数,另存为一个文件,进行后续的计算。

方式二

结构优化、分子动力学模拟完成之后,或者甚至在计算过程中,可以通过点击该任务的任意窗口,比如ADFinput > 左上角SCM Logo > Movie,这样可以看到结构优化过程,或者分子动力学过程,分子结构的变化过程。在该窗口点击Graph>Energy,右边窗口则显示结构优化过程中,每一个结构对应的能量,一帧表示一个结构,窗口下方的进度条拖动到自己想要的一帧(例如能量最低的一帧),然后点击File > Update Geometry in Input,那么这一帧的结构,就会更新到该任务的ADFinput窗口。

之后,就可以在该窗口修改计算参数,另存为一个文件,进行后续的计算。

方式三

结构优化、分子动力学模拟完成之后,或者甚至在计算过程中,可以通过点击该任务的任意窗口,比如ADFinput > 左上角SCM Logo > Movie,这样可以看到结构优化过程,或者分子动力学过程,分子结构的变化过程。在该窗口点击Graph>Energy,右边窗口则显示结构优化过程中,每一个结构对应的能量,一帧表示一个结构,窗口下方的进度条拖动到自己想要的一帧(例如能量最低的一帧),然后点击File > Save Geometry。那么这样就把该结构保存成为一个xyz格式的文件了。这个文件,存储的是分子体系,或者分子动力学模拟的盒子尺寸及其中所有原子的坐标。

之后,新开ADFinput窗口,File > Import Coordinates,导入该文件,即可。之后设置参数,进行后续的计算。

方式四

在*.logfile看到结构优化每一步的坐标、对应的能量。

复制*.logfile中需要的分子结构的坐标,新开一个ADFinput窗口,ctrl v可以直接粘贴该分子。

adf/updategeotry.1510296194.txt.gz · 最后更改: 2017/11/10 14:43 由 liu.jun

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