NEB：搜索过渡态
总的来说NEB方法搜索过渡态，比较适合结构变化不剧烈的情况。像六元环结构变成五元环＋桥联结构，这种结构变化剧烈的反应，NEB方法就非常捉襟见肘。ADF模块的过渡态搜索对各种简单、复杂的过渡态，计算难度也不高。参考：ADF过渡态搜索案例
下面以CH3-H-NH2为例子，演示ReaxFF搜索CH4-NH2 → CH3-NH3的过渡态。 其他模块例如机器学习势、DFTB、基于BAND模块则属于AIMD，除了Main的参数设置不同，其他设置完全一致。
第一步：优化反应物、产物结构
Task选择Geometry Optimization，优化反应物结构。当然反应物、产物，对于计算来说，二者是相对而言的。
如果是分子体系，可以设置周期系为None。如果是表面体系，可以选择Slab（当然实际上在AMSinput中表面模型创建完成，周期性就自动设置为Slab了），此时上下表面外部为半无限大的真空；如果是三维体系，周期性则为Bulk。
反应物结构优化
保存任务并运行。优化完毕之后，在对应的窗口弹出提示，询问“是否将优化得到的结构更新到AMSinput中？”选择Yes，这样ADFinput窗口里面的结构，就是优化好的结构。先不要关闭这个AMSinput窗口，后面会使用这个窗口里面的结构。
产物结构优化
注意：产物的初始结构，实际上是反应物初始结构，移动了一个H原子得来的，这是为了原子的编号一致——这非常重要。如果删除了这个H原子，重新添加H原子，编号就发生变化，程序无法将原子一一对应了。
另存一个任务。优化完毕之后，在对应的窗口弹出提示，询问“是否将优化得到的结构更新到AMSinput中？”选择Yes，这样ADFinput窗口里面的结构，就是优化好的结构。先不要关闭这个AMSinput窗口，后面会使用这个窗口里面的结构。
如需要固定部分原子
无论是结构优化、过渡态搜索、分子动力学，固定部分原子的操作都一样：首先选中要固定的原子，然后Model → Geometry Constraints and PES → 点击 “Select atoms (fix position)”的 +，即可固定。
第二步：搜索过渡态结构
新打开一个AMSinput窗口，周期性也改为None（与反应物/产物一致），Task选择NEB，点击后面的 > 按钮，进入过渡态的详细设置（如下图所示）：
- Number of image是反应物之间计算多少个过渡结构（从反应物，逐渐变为产物）；
- Optimize initial and final geometries，这里可以不再勾选，因为前面我们已经优化好了。
Initial system选择Mol-1按钮，Final system选择New Molecule 则左边窗口下方多了两个标题：Mol-1和Mol-2。点击对应的标题，可以在里面将前面优化的反应物、产物结构分别复制（在第一步的优化AMSinput窗口，CTRL a选中所有原子，CTRL C复制）粘贴到Initial和Final里面（在对应的窗口CTRL V即可粘贴）。
Initial结构：
Final结构：
选择同样的力场：
保存，并运行任务。
第三步：结果查看
ADF LOGO > Movie > Graph > Energy，可以看到从反应物到产物的能量变化曲线（红色）：
如果成功的话，其顶点对应过渡态。两端分别对应反应物、产物。
鼠标点中顶点，左边窗口的结构即显示对应的结构（如果不在屏幕中央，菜单栏View > Reset View，分子将出现在屏幕中央，可以使用鼠标滚轮放大）。
真正精确的过渡态结构，可能使用ADF模块的DFT计算才能得到，可以参考：过渡态搜索、自由能、活化能的计算。