对溶剂化的处理,有显式和隐式两种。前者顾名思义,需要考虑溶剂分子各种可能的不同排布方式,因此较为复杂,或者计算量较大。后者通过一些简单的模型来表达溶剂表现出来的平均效应。
ADF中可以使用COSMO、SCRF、SM12、3D-RISM、QMMM、FDE方法来处理溶剂化。前面三种是隐式溶剂化方法,后三种是显式溶剂化。
COSMO模型相当于在溶质分子嵌入到一个均匀电介质中,溶剂化相关的能量项则为介电常数的函数:
Enon-lest=f(ϵ)(CAV0+CAV1×area),
其中,
f(ϵ)=(ϵ−1)/(ϵ+x)
其中ϵ为介电常数;x是一个可调参数;CAV0、CAV1是关于溶剂化模型里面涉及到从溶剂均匀介质中挖孔、放入溶质分子带来的能量变化。area是描述挖孔的表面积、体积等因素。
ADF软件有几十种内置溶剂,如果选择内置溶剂的话,这些参数内置了,不需要设置。
这里面,没有考虑溶质对溶剂的反作用,导致溶剂的改变,从而反过来引发对溶质的作用的改变。这种互相影响达到平衡,叫做“自洽”。COSMO里面没有考虑自洽的效果。但如果溶质、溶剂的极性比较弱的话,这种自洽的效果就很弱,可以忽略。
如果溶质、溶剂分子具有极性,那么溶质分子可能导致溶剂的极化,从而改变溶剂。与COSMO类似,SCRF也是将溶剂考虑为均匀介质,但区别是,SCRF会考虑这种溶质对溶剂的反作用,会考虑溶剂、溶质的平衡,也就是自洽。SCRF为Self-Consistent Reaction Field的缩写。
参考:https://www.scm.com/doc/ADF/Input/SCRF.html
因为SCRF要做自洽迭代的溶剂化,所以它的计算流程是:
因此,一次SCRF溶剂化的单点计算或者片段分析,可能有很多个Bonding Energy(溶质的每一次SCF都会得到一次Boding Energy),看最后一个就是最终结果。
SCRF不支持结构优化、Linear Transit、Transition State等。
该溶剂化模型中,溶剂化能定义为:
ΔG⊗S=ΔEE+GP+GCDS+ΔGN+ΔG⊗conc
其中:
SM12模型对溶剂的描述比SCRF更精细。
使用非常多的经验参数详细描述溶剂的每个原子对溶质的影响,使用较为复杂。 参考:3d-rism
溶剂的影响不再单纯考虑为均匀介质,会考虑溶剂原子的电荷、偶极电荷甚至四极电荷的影响。 参考:qmmm
FDE方法支持将计算的区域分为两个或多个区域,可以分别设置某个区域精确计算,某些区域作为“环境”,但“环境”本身也使用DFT计算得到。
参考: