这是本文档旧的修订版!
反应力场新功能Molecule Sink:反应过程中抽走指定产物
本文以甲烷燃烧为例,燃烧过程中不断生成$CO_2$和$H_2O$,设定不断抽走产物中的水和二氧化碳,版本要求AMS2019以上。
参数设置
ADFinput > Edit > Builder创建$O_2$与$CH_4$的混合物:
选择力场:
点击Task:Molecular Dynamics后面的 > 按钮,设置分子动力学模拟详细参数:步数(此处设置为10万步)、步长(此处默认0.25fs)、sample frequency(每多少步保存一次轨迹):
点击Thermostat设置NVT类系综参数:
其中温度设置为4300K,如果需要设置温度的变化,可以通过点击➕实现。
Model > Molecule Sink,设置抽走分子:
其中:
Formula,指抽走分子的分子式,用户输入后,保存任务时,软件会自动调整为标准格式
Frequency,指每多少步抽一次,每次将该分子全部抽走
Start step,指从第多少步开始抽取
Stop step,指第多少步以后不再抽取,如果不设置,抽取过程将持续到模拟结束
结果查看
SCM > Movie > MD Properties > Molecules:
可以看到虽然我们已经模拟了56000步,但是体系中并没有$CO_2$,只有2个$H_2O$分子,但是从数量曲线来看,出现了$H_2O$之后,很快就消失了。而对照相同模拟条件,但没有设置Molecule Sink的模拟来看,在相同的模拟时长内,生成了大量$CO_2$和$H_2O$。
因此这实际上表示,我们设置的Molecule Sink成功的实现了抽走特定产物的功能。